Crafting a blueprint for single-cell RNA sequencing

生物 计算生物学 蓝图 核糖核酸 补语(音乐) 分离(微生物学) 基因组 数据科学 细胞生物学 生化工程 遗传学
作者
Tom Denyer,Marja C.P. Timmermans
出处
期刊:Trends in Plant Science [Elsevier]
卷期号:27 (1): 92-103 被引量:5
标识
DOI:10.1016/j.tplants.2021.08.016
摘要

Droplet-based single-cell RNA sequencing (scRNA-Seq) has moved rapidly from a technology with great potential to a method applied to ever-broader questions. The detailed information that scRNA-Seq offers has proven incredibly powerful in resolving cell responses to developmental and environmental cues. However, to maximize the potential of this technology, a panoply of upstream, practical points require consideration. Principal among these are the optimization of cell-isolation procedures, accommodating biotic/abiotic stress responses, and discerning the number of cells and sequencing reads needed. To complement excellent reviews outlining applications and data analysis tools for scRNA-Seq, we here discuss these considerations and provide practical tips to tailor experimental design and ensure the best possible outcome.
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