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A protein-based prognostic model for pancreatic ductal adenocarcinoma: Construction and validation

癌症研究 医学 免疫组织化学 胰腺癌 接收机工作特性 图谱 细胞周期蛋白依赖激酶1 肿瘤科 癌症 内科学 生物 细胞周期 基因 蛋白质表达 生物化学
作者
Yu Xu,Yisu Wang,Qi Chen,Takeshi Yao,Junyu Qiu,Lei Ni,Hui Chen,Tingbo Liang
出处
期刊:Pancreatology [Elsevier]
卷期号:23 (8): 1003-1013
标识
DOI:10.1016/j.pan.2023.10.021
摘要

Probing relevant proteomic biomarkers may facilitate effective pancreatic adenocarcinoma (PDAC) diagnosis, treatment and prevention. Here, we developed a protein-based prognostic model for PDAC by using relevant proteomic biomarkers data from The Cancer Genome Atlas (TCGA). We obtained PDAC's proteomic and clinical data from TCGA and used various analytical tools to identify differentially expressed proteins between normal and cancer tissues. We constructed our protein-based prognostic model and confirmed its accuracy using receiver operating characteristic curve and Kaplan-Meier survival analyses. We elucidated clinical factor-signature protein correlations by clinical correlation assessments and protein coexpression networks. We also used immunohistochemistry (protein expression assessment), Gene Set Enrichment Analysis (protein role identification) and CIBERSORT (infiltrating immune cell distribution assessment). CIITA, BRAF_pS445, AR, YTHDF2, IGFBP2 and CDK1_pT14 were identified as PDAC-associated prognostic proteins. All risk scores calculated using our model provided 1-, 3-, 5-year survival probability at 70 % accuracy. The reliability of our model was validated by the GEO as well. In high- and low-risk groups, age, sex, T- and N- stage disparities were significant, and prognostic and coexpressed proteins correlated. PDAC tissues demonstrated significant CDK1_pT14 overexpression but significant BRAF_pS445, YTHDF2, and IGFBP2 underexpression. Downstream proteins of BRAF were validated by IHC. Low-risk tissues demonstrated more naïve B cells, eosinophils, activated NK cells and regulatory T cells, whereas high-risk tissues demonstrated more activated memory T cells, monocytes, neutrophils, dendritic cells and resting NK cells. Our protein-based prognostic model for PDAC, along with six signature proteins, might aid in predicting PDAC prognosis and therapeutic targets.
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