Targeted in situ cross-linking mass spectrometry and integrative modeling reveal the architectures of three proteins from SARS-CoV-2

计算生物学 原位 序列(生物学) 严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(SARS-CoV-2) 蛋白质结构 质谱法 生物 2019年冠状病毒病(COVID-19) 二聚体 化学 计算机科学 生物信息学 生物化学 病理 医学 有机化学 传染病(医学专业) 疾病 色谱法
作者
Moriya Slavin,Joanna Zamel,Keren Zohar,Tsiona Eliyahu,M. Braitbard,Esther S. Brielle,Leah Baraz,Miri Stolovich-Rain,Ahuva Friedman,Dana G. Wolf,Alexander Rouvinski,Michal Linial,Dina Schneidman-Duhovny,Nir Kalisman
出处
期刊:Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America [Proceedings of the National Academy of Sciences]
卷期号:118 (34) 被引量:19
标识
DOI:10.1073/pnas.2103554118
摘要

Significance We present a generic methodology that extracts structural data from living, intact cells for any protein of interest. Application of this methodology to different viral proteins resulted in significant cross-link sets that revealed the connectivity within their structures. Importantly, we show that these cross-link sets are detailed enough to enable the integrative modeling of the full-length protein sequence. Consequently, we report the global structural organization of Nsp2 and the dimer of the nucleocapsid protein. We foresee that similar applications will be highly useful to study other recalcitrant proteins on which the mainstream structural approaches currently fail.

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