Comparison of antimicrobial resistance genes in feedlots and urban wastewater.

The use of antibiotics in livestock production in North America and possible association with elevated abundance of detectable antimicrobial resistance genes (ARG) is a growing concern. Real-time, quantitative PCR (RT-qPCR) was used to determine the relative abundance and diversity of ARG in fecal composite and catch basin samples from 4 beef feedlots in Alberta. Samples from a surrounding waterway and municipal wastewater treatment plants were also included to compare the ARG profile of urban environments and fresh water with that of feedlots. The relative abundance of 18 resistance genes across 5 antibiotic families including sulfonamides, tetracyclines, macrolides, fluoroquinolones, and β-lactams was examined. Sulfonamide, fluoroquinolone, and β-lactam resistance genes predominated in wastewater treatment samples, while tetracycline resistance genes predominated in cattle fecal composite samples. These results reflect the types of antibiotic that are used in cattle versus humans, but other factors such as co-selection of ARG and variation in the composition of bacterial communities associated with these samples may also play a role.En Amérique du Nord, l’utilisation des antibiotiques dans la production du bétail et l’association possible avec une abondance élevée détectable de gènes de résistance aux antimicrobiens (GRA) est une préoccupation grandissante. Une épreuve d’amplification en chaîne par la polymérase quantitative en temps réel a été utilisée afin de déterminer l’abondance relative et la diversité des GRA dans des échantillons composites de fèces et de bassin de rétention de quatre parcs d’engraissement de bovins en Alberta. Des échantillons d’un cours d’eau avoisinant et de l’usine municipale de traitement des eaux usées ont également été inclus afin de comparer le profil des GRA provenant d’un milieu urbain et d’eau fraîche à celui des parcs d’engraissement. L’abondance relative de 18 gènes de résistance issus de cinq familles d’antibiotiques incluant les sulfonamides, les tétracyclines, les macrolides, les fluoroquinolones, et les β-lactames fut examinée. Les gènes de résistance aux sulfonamides, aux fluoroqunolones, et aux β-lactames prédominaient dans les échantillons d’eaux usées, alors que les gènes de résistance à la tétracycline étaient prédominants dans les échantillons composites de fèces des bovins. Ces résultats reflètent les types d’antibiotiques qui sont utilisés chez les bovins versus les humains, mais d’autres facteurs tels que la co-sélection de GRA et la variation dans la composition des communautés bactériennes associées à ces échantillons peuvent également jouer un rôle.(Traduit par Docteur Serge Messier).