Microbiome Responses to Oral Fecal Microbiota Transplantation in a Cohort of Domestic Dogs

微生物群 梭杆菌 粪便 生物 阿克曼西亚 UniFrac公司 拟杆菌 肠道菌群 厚壁菌 微生物学 医学 免疫学 细菌 16S核糖体RNA 生物信息学 遗传学
作者
Connie A. Rojas,Zhandra Entrolezo,Jessica K. Jarett,Guillaume Jospin,Alex Martin,Holly H. Ganz
出处
期刊:Veterinary Sciences [MDPI AG]
卷期号:11 (1): 42-42
标识
DOI:10.3390/vetsci11010042
摘要

Fecal microbiota transplants (FMTs) have been successful at treating digestive and skin conditions in dogs. The degree to which the microbiome is impacted by FMT in a cohort of dogs has not been thoroughly investigated. Using 16S rRNA gene sequencing, we document the changes in the microbiome of fifty-four dogs that took capsules of lyophilized fecal material for their chronic diarrhea, vomiting, or constipation. We found that the relative abundances of five bacterial genera (Butyricicoccus, Faecalibacterium, Fusobacterium, Megamonas, and Sutterella) were higher after FMT than before FMT. Fecal microbiome alpha- and beta-diversity were correlated with kibble and raw food consumption, and prior antibiotic use. On average, 18% of the stool donor’s bacterial amplicon sequence variants (ASVs) engrafted in the FMT recipient, with certain bacterial taxa like Bacteroides spp., Fusobacterium spp., and Lachnoclostridium spp. engrafting more frequently than others. Lastly, analyses indicated that the degree of overlap between the donor bacteria and the community of microbes already established in the FMT recipient likely impacts engraftment. Collectively, our work provides further insight into the microbiome and engraftment dynamics of dogs before and after taking oral FMTs.
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