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Flavobacterium magnesitis sp. nov. and Flavobacterium zubiriense sp. nov., two novel Flavobacterium species isolated from alkaline magnesite residues

黄杆菌 生物 16S核糖体RNA 系统发育树 黄杆菌科 系统发育学 微生物学 核糖体RNA 细菌 基因 拟杆菌 遗传学 假单胞菌
作者
Leonor Matos,Lorrie Maccario,Ana Paula Chung,Diogo Neves Proença,Søren J. Sørensen,Paula V. Morais,Romeu Francisco
出处
期刊:International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [Microbiology Society]
卷期号:75 (1)
标识
DOI:10.1099/ijsem.0.006660
摘要

Three bacterial strains, designated FZUC8N2.13 T , FBOR7N2.3 T and FZUR7N2.5, were isolated from distinct magnesite residues in Spain. Phylogenetic and phylogenomic analysis places them within the genus Flavobacterium . Strains FBOR7N2.3 T and FZUR7N2.5 share 100% of similarity in the 16S rRNA gene sequence, and both are most closely related to Flavobacterium cellulosilyticum AR-3-4 T with which they share 97.5% of 16S rRNA gene similarity. Strain FZUC8N2.13 T forms a distinct lineage most closely related to Flavobacterium lacustre IMCC36792 T with 97.7% 16S rRNA gene similarity. The closest phylogenomic neighbours of these three strains are Flavobacterium flevense DSM 1076 T , ‘ Flavobacterium undicola ’ BBQ-18 T and Flavobacterium commune PK15 T . The average nucleotide identity and digital DNA–DNA hybridization values between the three strains and closest members of the genus Flavobacterium are below the threshold values of 95% and 70%, respectively. Strains FZUC8N2.13 T , FBOR7N2.3 T and FZUR7N2.5 stain Gram-negative, are rod-shaped and form yellow colonies. Optimum growth occurs at 25 °C and pH 7. The genomic G+C contents are 33.4 mol% for strain FZUC8N2.13 T and 33.2 mol% for strains FBOR7N2.3 T and FZUR7N2.5. The major isoprenoid quinone is menaquinone 6. The major fatty acids are summed feature 3 (C 16 : 1 ω7c and/or C 16 : 1 ω6c) (22.6–31.1%), iso-C 15 : 0 (13.6–16.2 %) and anteiso-C 15 : 0 (8.7–10.5%). The polar lipids consist of two aminolipids, two aminophospholipids and one glycolipid. The phylogenetic, phylogenomic, phenotypic and chemotaxonomic data indicate that FZUC8N2.13 T , FBOR7N2.3 T and FZUR7N2.5 are distinct from the described species of Flavobacterium and should be classified as novel species, for which we propose the names Flavobacterium zubiriense for strain FZUC8N2.13 T (=UCCCB 179 T =CECT 30977 T ) and Flavobacterium magnesitis for strains FBOR7N2.3 T (=UCCCB 178 T =CECT 30976 T ) and FZUR7N2.5 (=UCCCB 216=CECT 31036).
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