blockCV: an R package for generating spatially or environmentally separated folds for k-fold cross-validation of species distribution models

工具箱 计算机科学 R包 空间分析 折叠(高阶函数) 数据挖掘 自相关 数学 统计 计算科学 程序设计语言
作者
Roozbeh Valavi,Jane Elith,José J. Lahoz‐Monfort,Gurutzeta Guillera‐Arroita
标识
DOI:10.1101/357798
摘要

Summary When applied to structured data, conventional random cross-validation techniques can lead to underestimation of prediction error, and may result in inappropriate model selection. We present the R package blockCV , a new toolbox for cross-validation of species distribution modelling. The package can generate spatially or environmentally separated folds. It includes tools to measure spatial autocorrelation ranges in candidate covariates, providing the user with insights into the spatial structure in these data. It also offers interactive graphical capabilities for creating spatial blocks and exploring data folds. Package blockCV enables modellers to more easily implement a range of evaluation approaches. It will help the modelling community learn more about the impacts of evaluation approaches on our understanding of predictive performance of species distribution models.

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