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Cooperativity in the Self‐Assembly of the Guanine Nucleobase into Quartet and Ribbon Structures on Surfaces

鸟嘌呤 碱基 合作性 丝带 黄嘌呤 化学物理 化学 氢键 结晶学 量子化学 自组装 计算化学 纳米技术 材料科学 分子 核苷酸 DNA 基因 有机化学 复合材料 生物化学
作者
Gábor Paragi,Célia Fonseca Guerra
出处
期刊:Chemistry: A European Journal [Wiley]
卷期号:23 (13): 3042-3050 被引量:27
标识
DOI:10.1002/chem.201604830
摘要

The guanine nucleobase can self-assemble into tetrameric or ribbon structures on surfaces or in solution. The origin for the occurrence of different aggregation patterns has not yet been investigated. Herein, a quantum chemical study on the different self-assembled structures of guanine and xanthine by using dispersion-corrected DFT is presented. Theoretical investigations can be used to explain, from an electronic point of view, the differences between the experimental findings. With quantitative Kohn-Sham molecular orbital theory and the accompanying energy decomposition analysis, the hydrogen-bonding mechanism within the guanine ribbons can be disclosed and the preferred self-assembled structures under different experimental conditions can be explained. An important role of the σ-electronic system in the guanine self-assembled structures is revealed as the main factor for the switch between different arrangements on surfaces and in crystals.
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