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Complete genome sequence of a novel Pseudomonas sp. IT1137 isolated from Antarctic intertidal sediment showing potential for alkane degradation at low temperatures

生物 潮间带 质粒 全基因组测序 四氢嘧啶 生物修复 假单胞菌 基因组 核糖体RNA 生态学 微生物学 基因 遗传学 细菌 渗透调节剂 氨基酸 脯氨酸
作者
Hui-Yan Ge,Yihe Zhang,Yongqiang Hu,Wei Han,Yu Du,Ting Hu,Yinxin Zeng
出处
期刊:Marine Genomics [Elsevier]
卷期号:76: 101122-101122
标识
DOI:10.1016/j.margen.2024.101122
摘要

Pseudomonas species are known for their diverse metabolic abilities and broad ecological distribution. They are fundamental components of bacterial communities and perform essential ecological functions in the environment. A psychrotrophic Pseudomonas sp. IT1137 was isolated from intertidal sediment in the coastal region of the Fildes Peninsula, King George Island, Antarctica. The strain contained a circular chromosome of 5,346,697 bp with a G + C content of 61.66 mol% and one plasmid of 4481 bp with a G + C content of 64.61 mol%. A total of 4848 protein-coding genes, 65 tRNA genes and 15 rRNA genes were obtained. Genome sequence analysis revealed that strain IT1137 not only is a potentially novel species of the genus Pseudomonas but also harbors functional genes related to nitrogen, sulfur and phosphorus cycling. In addition, genes involved in alkane degradation, ectoine synthesis and cyclic lipopeptide (CLP) production were detected in the bacterial genome. The results indicate the potential of the strain Pseudomonas sp. IT1137 for biotechnological applications such as bioremediation and secondary metabolite production and are helpful for understanding bacterial adaptability and ecological function in cold coastal environments.
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