The genomic and immune landscape of long-term survivors of high-grade serous ovarian cancer

生物 体细胞 免疫系统 卵巢癌 生殖系 浆液性液体 转录组 表型 DNA甲基化 基因 癌症 遗传学 生物信息学 免疫学 基因表达 生物化学
作者
Dale W. Garsed,Ahwan Pandey,Sián Fereday,Catherine J. Kennedy,Kazuaki Takahashi,Kathryn Alsop,Phineas T. Hamilton,Joy Hendley,Yoke-Eng Chiew,Nadia Traficante,Pamela Provan,Dinuka Ariyaratne,George Au-Yeung,Nicholas W. Bateman,Leanne Bowes,Alison Brand,Elizabeth L. Christie,Julie M. Cunningham,Michael Friedlander,Bronwyn Grout,Paul Harnett,Jillian Hung,Bryan M. McCauley,Orla McNally,Anna Piskorz,Flurina Saner,Robert A. Vierkant,Chen Wang,Stacey J. Winham,Paul Pharoah,James D. Brenton,Thomas P. Conrads,G. Larry Maxwell,Susan J. Ramus,Celeste Leigh Pearce,Malcolm C. Pike,Brad H. Nelson,Ellen L. Goode,Anna deFazio,David D.L. Bowtell
出处
期刊:Nature Genetics [Springer Nature]
卷期号:54 (12): 1853-1864 被引量:22
标识
DOI:10.1038/s41588-022-01230-9
摘要

Fewer than half of all patients with advanced-stage high-grade serous ovarian cancers (HGSCs) survive more than five years after diagnosis, but those who have an exceptionally long survival could provide insights into tumor biology and therapeutic approaches. We analyzed 60 patients with advanced-stage HGSC who survived more than 10 years after diagnosis using whole-genome sequencing, transcriptome and methylome profiling of their primary tumor samples, comparing this data to 66 short- or moderate-term survivors. Tumors of long-term survivors were more likely to have multiple alterations in genes associated with DNA repair and more frequent somatic variants resulting in an increased predicted neoantigen load. Patients clustered into survival groups based on genomic and immune cell signatures, including three subsets of patients with BRCA1 alterations with distinctly different outcomes. Specific combinations of germline and somatic gene alterations, tumor cell phenotypes and differential immune responses appear to contribute to long-term survival in HGSC.
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