3D genome, on repeat: Higher-order folding principles of the heterochromatinized repetitive genome

生物 基因组 异染色质 遗传学 计算生物学 染色质 重复序列 人类基因组 散落重复 进化生物学 基因
作者
Spencer A. Haws,Zoltan Simandi,R Jordan Barnett,Jennifer E. Phillips-Cremins
出处
期刊:Cell [Elsevier]
卷期号:185 (15): 2690-2707 被引量:7
标识
DOI:10.1016/j.cell.2022.06.052
摘要

Summary

Nearly half of the human genome is comprised of diverse repetitive sequences ranging from satellite repeats to retrotransposable elements. Such sequences are susceptible to stepwise expansions, duplications, inversions, and recombination events which can compromise genome function. In this review, we discuss the higher-order folding mechanisms of compartmentalization and loop extrusion and how they shape, and are shaped by, heterochromatin. Using primarily mammalian model systems, we contrast mechanisms governing H3K9me3-mediated heterochromatinization of the repetitive genome and highlight emerging links between repetitive elements and chromatin folding.
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