Molecular Detection of Avian Influenza Virus in Wild Birds in Morocco, 2016–2019

Avian influenza (AI) is a zoonotic disease significant to both public and animal health, caused by influenza virus A, and affects domestic poultry, wild birds, and mammals including humans. Aquatic birds are considered the natural reservoir of this virus. In 2016, Morocco experienced the first occurrence of low pathogenic H9N2 avian influenza virus (AIV) in poultry; however, no cases were reported in wild birds. The present study aimed to monitor the presence of AIV in wild birds in Morocco in order to trace the possible sources of the viruses affecting poultry. Between 2016 and 2019, 967 samples obtained from 480 birds representing 56 different wild bird species, 20 families, and 8 orders, mostly from Charadriiformes, Anseriformes, Pelecaniformes, and Passeriformes, were collected from various wetlands and relevant ornithologic sites in Morocco. These field samples consisted of 374 cloacal swabs, 321 tracheal swabs, 54 fecal samples, and 218 organ pools including the trachea, lung, liver, spleen, heart, intestine, and brain. The samples were examined for the presence of AIV using TaqMan-based real-time reverse transcriptase-PCR (rRT-PCR) targeting the matrix gene, followed by further subtyping rRT-PCR tests targeting the H1-H16 genes. The AI matrix gene was detected in 18 out of 967 samples (1.86%); positive samples were detected in 17 birds belonging to 10 bird species: two redshanks (Tringa totanus), one little stint (Calidris minuta), one ruddy turnstone (Arenaria interpres), one common snipe (Gallinago gallinago), one common greenshank (Tringa nebularia), one black-winged stilt (Himantopus himantopus), two black-headed gulls (Chroicocephalus ridibundus), one slender-billed gull (Chroicocephalus genei), six cattle egrets (Bubulcus ibis), and one Eurasian coot (Fulica atra). AIV was detected in 2 wetlands and 1 ornithologic site (Sidi Moussa Oualidia Complex, Smir lagoon and El Jadida Coast) and the highest positivity was revealed in fresh fecal samples (11.1%), indicating the suitability of this matrix for wild bird surveillance. Our results highlight that waders, gulls, and cattle egrets are the most affected species and may represent a potential risk for AI introduction in the poultry sector in Morocco. Regular monitoring of wild birds in Morocco, focusing in particular in the areas and species identified in this study as a high risk of virus circulation, should be implemented to anticipate and prevent possible AIV spread.Detección molecular del virus de la influenza aviar en aves silvestres en Marruecos, entre los años 2016 al 2019. La influenza aviar (IA) es una enfermedad zoonótica importante para la salud pública y animal, causada por el virus de la influenza A y afecta a la avicultura comercial, las aves silvestres y los mamíferos, incluyendo a los humanos. Las aves acuáticas se consideran el reservorio natural de este virus. En el año 2016, Marruecos experimentó la primera aparición del virus de la influenza aviar de baja patogenicidad H9N2 en avicultura; sin embargo, no se notificaron casos en aves silvestres. El presente estudio tuvo como objetivo monitorear la presencia del virus de influenza aviar en aves silvestres en Marruecos con el fin de rastrear las posibles fuentes de los virus que afectan a las aves comerciales. Entre los años 2016 y 2019, se recolectaron 967 muestras de 480 aves que representan 56 especies diferentes de aves silvestres, 20 familias y 8 órdenes, principalmente de Charadriiformes, Anseriformes, Pelecaniformes y Passeriformes, de varios humedales y sitios ornitológicos relevantes en Marruecos. Estas muestras de campo consistieron en 374 hisopos cloacales, 321 hisopos traqueales, 54 muestras fecales y 218 conjuntos de órganos que incluyeron tráquea, pulmón, hígado, bazo, corazón, intestino y cerebro. Las muestras se examinaron para detectar la presencia del virus de la influenza aviar mediante transcripción reversa y PCR en tiempo real basada en TaqMan (rRT-PCR) que estivo dirigida al gene de la matriz, seguida de más pruebas de subtipificación de rRT-PCR dirigidas a los genes H1 al H16. El gene de la matriz de influenza aviar se detectó en 18 de 967 muestras (1.86%); Se detectaron muestras positivas en 17 aves pertenecientes a 10 especies de aves: dos archibebes comunes (Tringa totanus), un correlimos chico (Calidris minuta), un vuelvepiedras común (Arenaria interpres), una agachadiza común (Gallinago gallinago), un archibebe claro (Tringa nebularia), una cigüeñuela común (Himantopus himantopus), dos gaviotas reidoras (Chroicocephalus ridibundus), una gaviota picofina (Chroicocephalus genei), seis garzas ganaderas (Bubulcus ibis) y una focha común (Fulica atra). El virus de la influenza aviar se detectó en 3 de los 17 humedales (Complejo Sidi Moussa-Walidia, Costa El Jadida y Laguna Smir) y la mayor positividad se reveló en muestras fecales frescas (11.1%), lo que indica la idoneidad de esta matriz para la vigilancia de aves silvestres. Estos resultados destacan que las aves zancudas, las gaviotas y las garzas ganaderas son las especies más afectadas y pueden representar un riesgo potencial para la introducción de influenza aviar en el sector avícola de Marruecos. Se debe implementar un monitoreo regular de las aves silvestres en Marruecos, centrándose en particular en las áreas y especies identificadas en este estudio como de alto riesgo de circulación del virus, para anticipar y prevenir la posible propagación del virus de la influenza aviar.