GPCRdb in 2023: state-specific structure models using AlphaFold2 and new ligand resources

化学 G蛋白偶联受体 公共化学 生物 药物数据库 计算生物学 生物信息学 蛋白质数据库 生物信息学 药物发现 蛋白质结构 受体 生物化学 药理学 药品 基因
作者
Gáspár Pándy-Szekeres,Jimmy Caroli,Alibek Mamyrbekov,Ali A Kermani,György M Keserű,Albert J. Kooistra,David E. Gloriam
出处
期刊:Nucleic Acids Research [Oxford University Press]
卷期号:51 (D1): D395-D402 被引量:5
标识
DOI:10.1093/nar/gkac1013
摘要

G protein-coupled receptors (GPCRs) are physiologically abundant signaling hubs routing hundreds of extracellular signal substances and drugs into intracellular pathways. The GPCR database, GPCRdb supports >5000 interdisciplinary researchers every month with reference data, analysis, visualization, experiment design and dissemination. Here, we present our fifth major GPCRdb release setting out with an overview of the many resources for receptor sequences, structures, and ligands. This includes recently published additions of class D generic residue numbers, a comparative structure analysis tool to identify functional determinants, trees clustering GPCR structures by 3D conformation, and mutations stabilizing inactive/active states. We provide new state-specific structure models of all human non-olfactory GPCRs built using AlphaFold2-MultiState. We also provide a new resource of endogenous ligands along with a larger number of surrogate ligands with bioactivity, vendor, and physiochemical descriptor data. The one-stop-shop ligand resources integrate ligands/data from the ChEMBL, Guide to Pharmacology, PDSP Ki and PubChem database. The GPCRdb is available at https://gpcrdb.org.
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