Digenome-seq: genome-wide profiling of CRISPR-Cas9 off-target effects in human cells

清脆的 Cas9 基因组编辑 基因组 生物 引导RNA 计算生物学 人类基因组 基因组工程 遗传学 DNA测序 DNA 基因
作者
Daesik Kim,Sangsu Bae,Jeongbin Park,Eunji Kim,Seokjoong Kim,Hye Ryeong Yu,Jinha Hwang,Jong‐Il Kim,Jin‐Soo Kim
出处
期刊:Nature Methods [Nature Portfolio]
卷期号:12 (3): 237-243 被引量:898
标识
DOI:10.1038/nmeth.3284
摘要

Although RNA-guided genome editing via the CRISPR-Cas9 system is now widely used in biomedical research, genome-wide target specificities of Cas9 nucleases remain controversial. Here we present Digenome-seq, in vitro Cas9-digested whole-genome sequencing, to profile genome-wide Cas9 off-target effects in human cells. This in vitro digest yields sequence reads with the same 5' ends at cleavage sites that can be computationally identified. We validated off-target sites at which insertions or deletions were induced with frequencies below 0.1%, near the detection limit of targeted deep sequencing. We also showed that Cas9 nucleases can be highly specific, inducing off-target mutations at merely several, rather than thousands of, sites in the entire genome and that Cas9 off-target effects can be avoided by replacing 'promiscuous' single guide RNAs (sgRNAs) with modified sgRNAs. Digenome-seq is a robust, sensitive, unbiased and cost-effective method for profiling genome-wide off-target effects of programmable nucleases including Cas9.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
欠虐宝宝完成签到 ,获得积分10
刚刚
一姝树完成签到,获得积分10
刚刚
点酒成诗发布了新的文献求助10
刚刚
小杨发布了新的文献求助10
刚刚
dudu10000完成签到,获得积分10
1秒前
海岢完成签到,获得积分10
2秒前
鲤鱼小蕾发布了新的文献求助10
2秒前
CipherSage应助茶凉人散采纳,获得10
2秒前
chen完成签到 ,获得积分10
2秒前
共享精神应助闪闪的藏鸟采纳,获得10
3秒前
zl完成签到 ,获得积分10
4秒前
xia完成签到,获得积分10
5秒前
Dream完成签到,获得积分20
6秒前
小柳完成签到,获得积分10
6秒前
慕青应助罗小学采纳,获得10
7秒前
7秒前
7秒前
残酷的风完成签到,获得积分10
7秒前
acb完成签到,获得积分10
7秒前
8秒前
牛牛完成签到,获得积分10
8秒前
CipherSage应助1233330采纳,获得10
8秒前
小杨完成签到,获得积分10
8秒前
喜文完成签到,获得积分10
9秒前
西瓜论文发布了新的文献求助10
9秒前
怕黑胡萝卜完成签到,获得积分10
9秒前
10秒前
茶凉人散完成签到,获得积分10
10秒前
上官若男应助企鹅乌云采纳,获得10
10秒前
五月发布了新的文献求助10
11秒前
11秒前
赘婿应助科研小能手采纳,获得10
11秒前
阿刁发布了新的文献求助10
11秒前
Akim应助捱小秋采纳,获得10
11秒前
12秒前
eternal完成签到,获得积分10
13秒前
FiroZhang完成签到,获得积分10
13秒前
喜文发布了新的文献求助10
14秒前
bodhi发布了新的文献求助10
14秒前
15秒前
高分求助中
Applied Survey Data Analysis (第三版, 2025) 800
Assessing and Diagnosing Young Children with Neurodevelopmental Disorders (2nd Edition) 700
Images that translate 500
引进保护装置的分析评价八七年国外进口线路等保护运行情况介绍 500
Algorithmic Mathematics in Machine Learning 500
Handbook of Innovations in Political Psychology 400
Mapping the Stars: Celebrity, Metonymy, and the Networked Politics of Identity 400
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 物理 生物化学 纳米技术 计算机科学 化学工程 内科学 复合材料 物理化学 电极 遗传学 量子力学 基因 冶金 催化作用
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3841240
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3383270
关于积分的说明 10528888
捐赠科研通 3103224
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1709200
邀请新用户注册赠送积分活动 822985
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 773764