Advances in methods for tRNA sequencing and quantification

转移RNA 计算生物学 生物 进化生物学 DNA测序 核糖核酸 遗传学 基因 DNA
作者
Nigam H. Padhiar,Upendra Katneni,Anton A. Komar,Yuri Motorin,Chava Kimchi‐Sarfaty
出处
期刊:Trends in Genetics [Elsevier BV]
卷期号:40 (3): 276-290 被引量:12
标识
DOI:10.1016/j.tig.2023.11.001
摘要

In the past decade tRNA sequencing (tRNA-seq) has attracted considerable attention as an important tool for the development of novel approaches to quantify highly modified tRNA species and to propel tRNA research aimed at understanding the cellular physiology and disease and development of tRNA-based therapeutics. Many methods are available to quantify tRNA abundance while accounting for modifications and tRNA charging/acylation. Advances in both library preparation methods and bioinformatic workflows have enabled developments in next-generation sequencing (NGS) workflows. Other approaches forgo NGS applications in favor of hybridization-based approaches. In this review we provide a brief comparative overview of various tRNA quantification approaches, focusing on the advantages and disadvantages of these methods, which together facilitate reliable tRNA quantification.

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