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Estimating Total Quantitative Protein Content in Escherichia coli, Saccharomyces cerevisiae, and HeLa Cells

蛋白质组 大肠杆菌 酿酒酵母 赫拉 生物 蛋白质组学 模式生物 细胞 计算生物学 酵母 生物化学 基因
作者
Georgii Dolgalev,Taras A. Safonov,Viktoriia A. Arzumanian,Olga I. Kiseleva,Ekaterina V. Poverennaya
出处
期刊:International Journal of Molecular Sciences [Multidisciplinary Digital Publishing Institute]
卷期号:24 (3): 2081-2081 被引量:1
标识
DOI:10.3390/ijms24032081
摘要

The continuous improvement of proteomic techniques, most notably mass spectrometry, has generated quantified proteomes of many organisms with unprecedented depth and accuracy. However, there is still a significant discrepancy in the reported numbers of total protein molecules per specific cell type. In this article, we explore the results of proteomic studies of Escherichia coli, Saccharomyces cerevisiae, and HeLa cells in terms of total protein copy numbers per cell. We observe up to a ten-fold difference between reported values. Investigating possible reasons for this discrepancy, we conclude that neither an unmeasured fraction of the proteome nor biases in the quantification of individual proteins can explain the observed discrepancy. We normalize protein copy numbers in each study using a total protein amount per cell as reported in the literature and create integrated proteome maps of the selected model organisms. Our results indicate that cells contain from one to three million protein molecules per µm3 and that protein copy density decreases with increasing organism complexity.
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