Structure elucidation of cyameluric acid by combining solid-state NMR spectroscopy, molecular modeling and direct-space methods

化学 互变异构体 氢键 分子 结晶学 结构精修 从头算 从头算量子化学方法 晶体结构 背景(考古学) 核磁共振波谱 计算化学 立体化学 有机化学 生物 古生物学
作者
Lena Seyfarth,Jan Sehnert,Nadia E. A. El‐Gamel,Wolfgang Milius,Edwin Kroke,Josef Breu,Jürgen Senker
出处
期刊:Journal of Molecular Structure [Elsevier BV]
卷期号:889 (1-3): 217-228 被引量:35
标识
DOI:10.1016/j.molstruc.2008.02.005
摘要

We present the structure solution for solvent-free cyameluric acid which has first been synthesized more than 150 years ago. By densely intertwining the complementary methods solid-state NMR spectroscopy, molecular modeling as well as direct-space methods for the analysis of the X-ray powder diffraction data we succeeded where conventional powder diffraction analysis alone failed. In a first step, the correct tautomer was identified by combining solid-state NMR and ab initio calculations. The quantum-chemically optimized molecule was further employed in direct-space methods for the crystal structure solution. After a subsequent Rietveld refinement the positions of the hydrogen atoms in the crystal were determined by comparing experimental and calculated NMR chemical shift parameters. In this context, the sensitivity of the anisotropy δ aniso and the asymmetry parameter η of the carbonyl 13 C towards the hydrogen bonding environment proved to be very valuable. Cyameluric acid crystallizes in space group P 2 1 2 1 2 1 ( Z = 4, a = 6.4701(5) Å, b = 9.9340(6) Å, c = 12.0985(7) Å) with one complete molecule in the asymmetric unit. It consists of the symmetric trioxo tautomer which is arranged in a three-dimensional hydrogen bond network where all three NH groups interact with carbonyl groups.
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