PlantPAD: a platform for large-scale image phenomics analysis of disease in plant science

物候学 植物病害 多学科方法 疾病 数据科学 比例(比率) 计算机科学 人工智能 生物 机器学习 生物技术 病理 地图学 医学 社会科学 生物化学 基因组学 基因组 社会学 基因 地理
作者
Xinyu Dong,Kejun Zhao,Qi Wang,Xingcai Wu,Yuanqin Huang,Xue Wu,Tianhan Zhang,Yawen Dong,Yangyang Gao,Panfeng Chen,Yingwei Liu,Dongyu Chen,Shuang Wang,Xiaoyan Yang,Jing Yang,Yong Wang,Zhenran Gao,Xian Wu,Qing-Rong Bai,Shaobo Li
出处
期刊:Nucleic Acids Research [Oxford University Press]
卷期号:52 (D1): D1556-D1568 被引量:17
标识
DOI:10.1093/nar/gkad917
摘要

Abstract Plant disease, a huge burden, can cause yield loss of up to 100% and thus reduce food security. Actually, smart diagnosing diseases with plant phenomics is crucial for recovering the most yield loss, which usually requires sufficient image information. Hence, phenomics is being pursued as an independent discipline to enable the development of high-throughput phenotyping for plant disease. However, we often face challenges in sharing large-scale image data due to incompatibilities in formats and descriptions provided by different communities, limiting multidisciplinary research exploration. To this end, we build a Plant Phenomics Analysis of Disease (PlantPAD) platform with large-scale information on disease. Our platform contains 421 314 images, 63 crops and 310 diseases. Compared to other databases, PlantPAD has extensive, well-annotated image data and in-depth disease information, and offers pre-trained deep-learning models for accurate plant disease diagnosis. PlantPAD supports various valuable applications across multiple disciplines, including intelligent disease diagnosis, disease education and efficient disease detection and control. Through three applications of PlantPAD, we show the easy-to-use and convenient functions. PlantPAD is mainly oriented towards biologists, computer scientists, plant pathologists, farm managers and pesticide scientists, which may easily explore multidisciplinary research to fight against plant diseases. PlantPAD is freely available at http://plantpad.samlab.cn.
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