Comprehensive assessment of 11 de novo HiFi assemblers on complex eukaryotic genomes and metagenomes

生物 基因组 顺序装配 基因组 标杆管理 计算生物学 DNA测序 遗传学 字错误率 基因 计算机科学 人工智能 业务 基因表达 转录组 营销
作者
Wenjuan Yu,Haohui Luo,Jinbao Yang,Shengchen Zhang,Heling Jiang,Xianjia Zhao,Xingqi Hui,Dan Sun,Liang Li,Xiuqing Wei,Stefano Lonardi,Weihua Pan
出处
期刊:Genome Research [Cold Spring Harbor Laboratory]
被引量:3
标识
DOI:10.1101/gr.278232.123
摘要

Pacific Biosciences (PacBio) HiFi sequencing technology generates long reads (>10 kbp) with very high accuracy (<0.01% sequencing error). Although several de novo assembly tools are available for HiFi reads, there are no comprehensive studies on the evaluation of these assemblers. We evaluated the performance of 11 de novo HiFi assemblers on (1) real data for three eukaryotic genomes; (2) 34 synthetic data sets with different ploidy, sequencing coverage levels, heterozygosity rates, and sequencing error rates; (3) one real metagenomic data set; and (4) five synthetic metagenomic data sets with different composition abundance and heterozygosity rates. The 11 assemblers were evaluated using quality assessment tool (QUAST) and benchmarking universal single-copy ortholog (BUSCO). We also used several additional criteria, namely, completion rate, single-copy completion rate, duplicated completion rate, average proportion of largest category, average distance difference, quality value, run-time, and memory utilization. Results show that hifiasm and hifiasm-meta should be the first choice for assembling eukaryotic genomes and metagenomes with HiFi data. We performed a comprehensive benchmarking study of commonly used assemblers on complex eukaryotic genomes and metagenomes. Our study will help the research community to choose the most appropriate assembler for their data and identify possible improvements in assembly algorithms.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
qausyh完成签到,获得积分10
4秒前
xzn1123应助wodetaiyangLLL采纳,获得10
7秒前
lixinyue完成签到 ,获得积分10
17秒前
JamesPei应助研友_LN32Mn采纳,获得10
20秒前
快乐的幼丝完成签到 ,获得积分10
23秒前
我独舞完成签到 ,获得积分10
25秒前
蟲先生完成签到 ,获得积分10
25秒前
30秒前
复杂觅山完成签到 ,获得积分10
30秒前
胜胜糖完成签到 ,获得积分10
31秒前
幸运草完成签到 ,获得积分10
34秒前
stiger完成签到,获得积分10
37秒前
昵称吧完成签到 ,获得积分10
38秒前
lilylwy完成签到 ,获得积分10
41秒前
42秒前
胖胖完成签到 ,获得积分10
47秒前
然后发布了新的文献求助10
48秒前
回首不再是少年完成签到,获得积分0
49秒前
科研通AI2S应助刘隅采纳,获得10
50秒前
CYL完成签到 ,获得积分10
52秒前
Reader01完成签到 ,获得积分10
56秒前
kk完成签到 ,获得积分10
1分钟前
香蕉觅云应助然后采纳,获得10
1分钟前
马香芦完成签到,获得积分10
1分钟前
美满的皮卡丘完成签到 ,获得积分10
1分钟前
科研张完成签到 ,获得积分10
1分钟前
小马完成签到 ,获得积分10
1分钟前
鬼见愁应助科研通管家采纳,获得10
1分钟前
在水一方应助科研通管家采纳,获得10
1分钟前
1分钟前
科研通AI2S应助刘隅采纳,获得10
1分钟前
研友_LN32Mn发布了新的文献求助10
1分钟前
缺粥完成签到 ,获得积分10
1分钟前
莫冰雪完成签到 ,获得积分10
1分钟前
EVEN完成签到 ,获得积分10
1分钟前
zwzxtx完成签到 ,获得积分10
1分钟前
Huang完成签到 ,获得积分0
1分钟前
ryan1300完成签到 ,获得积分10
1分钟前
Amikacin完成签到,获得积分10
1分钟前
烟熏妆的猫完成签到 ,获得积分10
1分钟前
高分求助中
좌파는 어떻게 좌파가 됐나:한국 급진노동운동의 형성과 궤적 2500
Sustainability in Tides Chemistry 1500
TM 5-855-1(Fundamentals of protective design for conventional weapons) 1000
Cognitive linguistics critical concepts in linguistics 800
Threaded Harmony: A Sustainable Approach to Fashion 799
Livre et militantisme : La Cité éditeur 1958-1967 500
氟盐冷却高温堆非能动余热排出性能及安全分析研究 500
热门求助领域 (近24小时)
化学 医学 生物 材料科学 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 基因 遗传学 催化作用 物理化学 免疫学 量子力学 细胞生物学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3052652
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2709874
关于积分的说明 7418267
捐赠科研通 2354446
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1246020
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 605951
版权声明 595921