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A circular dichroism study of the stability of guanine quadruplexes of thrombin DNA aptamers at presence of K+ and Na+ ions.

圆二色性 适体 化学 单体 热稳定性 赫帕 G-四倍体 DNA 结晶学 色谱法 聚合物 生物化学 分子生物学 有机化学 生物 滤波器(信号处理) 物理 量子力学 计算机科学 计算机视觉
作者
Slavomíra Poniková,Marián Antalík,Tibor Hianik
出处
期刊:General Physiology and Biophysics [AEPress, s.r.o.]
卷期号:27 (4): 271-7 被引量:7
标识
摘要

The effect of K+ and Na+ on the properties of DNA aptamers that selective binds to fibrinogen (FIBRI) and heparin (HEPA) exosites of human alpha-thrombin was studied by circular dichroism (CD). The complexes of FIBRI-K+ were slightly more stable than HEPA-K+. However, lower stability was observed for HEPA-K+ at presence of Na+ in comparison with FIBRI-K+. The analysis of CD melting curves suggests differences in thermal stability of both aptamers at presence of K+. The melting temperatures (Tm) and changes in van't Hoff enthalpy for HEPA-K+ complexes were lower in comparison with those for FIBRI-K+. With increasing HEPA concentration the Tm value increased, but Tm did not change with increasing FIBRI concentration. This suggests formation of HEPA aggregates, while FIBRI aptamers are in monomeric form.

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