Methods for analysis of circular RNAs

核糖核酸 环状RNA 计算生物学 生物信息学 非编码RNA 核酸结构 生物 功能(生物学) 核糖开关 小RNA 鉴定(生物学) 遗传学 基因 植物
作者
Poonam R. Pandey,Rachel Munk,Gautam Kundu,Supriyo De,Kotb Abdelmohsen,Myriam Gorospe
出处
期刊:Wiley Interdisciplinary Reviews - Rna [Wiley]
卷期号:11 (1) 被引量:48
标识
DOI:10.1002/wrna.1566
摘要

Abstract Eukaryotic cells express a myriad of circular RNAs (circRNAs), many of them displaying tissue‐specific expression patterns. They arise from linear precursor RNAs in which 5′ and 3′ ends become covalently ligated. Given these features, biochemical and computational approaches traditionally used to study linear RNA must be adapted for analysis of circular RNAs. Such circRNA‐specific methodologies are allowing the systematic identification of circRNAs and the analysis of their biological functions. Here, we review the resources and molecular methods currently utilized to quantify circRNAs, visualize their distribution, identify interacting partners, and elucidate their function. We discuss the challenges of analyzing circRNAs and propose alternative approaches for studying this unique class of transcripts. This article is characterized under: RNA Structure and Dynamics > RNA Structure, Dynamics, and Chemistry RNA Methods > RNA Analyses in vitro and In Silico RNA Methods > RNA Analyses in Cells

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