Computational Approaches for Designing Highly Specific and Efficient sgRNAs

计算机科学 清脆的 Cas9 基因组编辑 钥匙(锁) 计算生物学 计算机体系结构 软件工程 生物 操作系统 基因 遗传学
作者
Jaspreet Kaur Dhanjal,Dhvani Sandip Vora,Navaneethan Radhakrishnan,Durai Sundar
出处
期刊:Methods in molecular biology [Springer Science+Business Media]
卷期号:: 147-166 被引量:1
标识
DOI:10.1007/978-1-0716-1585-0_8
摘要

The easily programmable CRISPR/Cas9 system has found applications in biomedical research as well as microbial and crop applications, due to its ability to create site-specific edits. This powerful and flexible system has also been modified to enable inducible gene regulation, epigenome modifications and high-throughput screens. Designing efficient and specific guides for the nuclease is a key step and also a major challenge in effective application. This chapter describes rules for sgRNA design and important features to consider while touching upon bioinformatics advances in predicting efficient guides. Computational tools that suggest improved guides, depending on application, or predict off-targets have also been mentioned and compared.

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