Comparison of Simple RNA Extraction Methods for Molecular Diagnosis of Hepatitis C Virus in Plasma

RNA提取 色谱法 溶解 核糖核酸 化学 检出限 萃取(化学) 逆转录聚合酶链式反应 逆转录酶 丙型肝炎病毒 裂解缓冲液 核酸 蒸馏水 病毒 分子生物学 病毒学 生物 生物化学 信使核糖核酸 基因
作者
Sayamon Hongjaisee,Yosita Jabjainai,Suthasinee Sakset,Kanya Preechasuth,Nicole Ngo‐Giang‐Huong,Woottichai Khamduang
出处
期刊:Diagnostics [Multidisciplinary Digital Publishing Institute]
卷期号:12 (7): 1599-1599 被引量:7
标识
DOI:10.3390/diagnostics12071599
摘要

Nucleic acid extraction from biological samples is an important step for hepatitis C virus (HCV) diagnosis. However, such extractions are mostly based on silica-based column methodologies, which may limit their application for on-site diagnosis. A simple, rapid, and field-deployable method for RNA extraction is still needed. In this study, we evaluated the efficacy of four simple RNA extraction methods for the detection of HCV in plasma samples: a silica-membrane-based method, a magnetic-beads-based method, boiling with diethyl pyrocarbonate (DEPC)-treated distilled water, and using a commercial lysis buffer. HCV RNA was detected using both real-time reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) and reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP). Using real-time RT-PCR, extracted RNA from the silica-membrane-based and magnetic-beads-based methods had a 100% detection rate for RNA extraction from plasma. Using RT-LAMP, extracted RNA from the silica-membrane-based method showed a 66% detection rate, while the magnetic-beads-based method had a 62% detection rate. In summary, magnetic-beads-based extraction can be used as an alternative RNA extraction method for on-site HCV detection. Boiling with DEPC-treated distilled water was not appropriate for low HCV load samples, and boiling with a lysis buffer was not recommended.
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