亲爱的研友该休息了!由于当前在线用户较少,发布求助请尽量完整的填写文献信息,科研通机器人24小时在线,伴您度过漫漫科研夜!身体可是革命的本钱,早点休息,好梦!

Molecular Mechanism of Ligand Binding to the Minor Groove of DNA

分子动力学 DNA 副槽 生物物理学 沟槽(工程) 化学 铰链 配体(生物化学) 结晶学 计算化学 材料科学 生物 物理 生物化学 受体 经典力学 冶金
作者
Erin Brossard,Steven A. Corcelli
出处
期刊:Journal of Physical Chemistry Letters [American Chemical Society]
卷期号:14 (19): 4583-4590 被引量:4
标识
DOI:10.1021/acs.jpclett.3c00635
摘要

Although DNA–ligand binding is pervasive in biology, little is known about molecular-level binding mechanisms. Using all-atom, explicit-solvent molecular dynamics simulations in conjunction with weighted ensemble (WE)-enhanced sampling, an ensemble of 2562 binding trajectories of Hoechst 33258 (H33258) to d(CGC AAA TTT GCG) was generated from which the binding mechanism was extracted. In particular, the electrostatic interaction between the positively charged H33258 and the negatively charged DNA backbone drives the formation of initial H33258–DNA contacts. After this initial contact, a hinge-like intermediate state is formed in which one end of H33258 inserts into the minor groove of DNA. Following hinge state formation is a concerted motion whereby the second end of H33258 swings into the minor groove and the spine of hydration along the minor groove causing dehydration. This study illustrates how WE-enhanced simulations of biomolecular ligation processes can offer novel mechanistic insights by generating ensembles of binding events.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
33秒前
菜菜发布了新的文献求助10
38秒前
YUNUN完成签到,获得积分20
1分钟前
白云朵儿发布了新的文献求助10
1分钟前
南湘完成签到 ,获得积分10
1分钟前
2分钟前
晓晓晓完成签到,获得积分20
2分钟前
晓晓晓发布了新的文献求助10
2分钟前
3分钟前
Rin发布了新的文献求助10
3分钟前
3分钟前
4分钟前
Rigel完成签到,获得积分10
4分钟前
Rigel发布了新的文献求助10
4分钟前
Flexy发布了新的文献求助10
4分钟前
Flexy发布了新的文献求助10
5分钟前
科研通AI2S应助Flexy采纳,获得10
5分钟前
欢喜的慕青完成签到 ,获得积分10
5分钟前
昵称完成签到 ,获得积分10
5分钟前
江湖小妖完成签到 ,获得积分10
7分钟前
7分钟前
俏皮诺言完成签到,获得积分10
8分钟前
messi发布了新的文献求助30
8分钟前
星辰大海应助海燕采纳,获得30
8分钟前
Ji完成签到 ,获得积分10
8分钟前
messi发布了新的文献求助10
9分钟前
messi发布了新的文献求助10
9分钟前
10分钟前
10分钟前
桐桐应助孤独的钻石采纳,获得10
11分钟前
11分钟前
11分钟前
白云朵儿发布了新的文献求助10
11分钟前
852应助ach采纳,获得10
11分钟前
海燕发布了新的文献求助30
11分钟前
孤独的钻石完成签到,获得积分10
12分钟前
Cynthia完成签到 ,获得积分10
12分钟前
21完成签到 ,获得积分10
12分钟前
12分钟前
shunzi发布了新的文献求助10
13分钟前
高分求助中
Un calendrier babylonien des travaux, des signes et des mois: Séries iqqur îpuš 1036
Sustainable Land Management: Strategies to Cope with the Marginalisation of Agriculture 1000
Corrosion and Oxygen Control 600
Heterocyclic Stilbene and Bibenzyl Derivatives in Liverworts: Distribution, Structures, Total Synthesis and Biological Activity 500
重庆市新能源汽车产业大数据招商指南(两链两图两池两库两平台两清单两报告) 400
Division and square root. Digit-recurrence algorithms and implementations 400
行動データの計算論モデリング 強化学習モデルを例として 400
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 有机化学 工程类 生物化学 纳米技术 物理 内科学 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 电极 光电子学 量子力学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 2545595
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2175642
关于积分的说明 5600185
捐赠科研通 1896371
什么是DOI,文献DOI怎么找? 946248
版权声明 565371
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 503557