Molecular Mechanism of Ligand Binding to the Minor Groove of DNA

分子动力学 DNA 副槽 生物物理学 沟槽(工程) 化学 铰链 配体(生物化学) 结晶学 计算化学 材料科学 生物 物理 生物化学 受体 经典力学 冶金
作者
Erin Brossard,Steven A. Corcelli
出处
期刊:Journal of Physical Chemistry Letters [American Chemical Society]
卷期号:14 (19): 4583-4590 被引量:4
标识
DOI:10.1021/acs.jpclett.3c00635
摘要

Although DNA–ligand binding is pervasive in biology, little is known about molecular-level binding mechanisms. Using all-atom, explicit-solvent molecular dynamics simulations in conjunction with weighted ensemble (WE)-enhanced sampling, an ensemble of 2562 binding trajectories of Hoechst 33258 (H33258) to d(CGC AAA TTT GCG) was generated from which the binding mechanism was extracted. In particular, the electrostatic interaction between the positively charged H33258 and the negatively charged DNA backbone drives the formation of initial H33258–DNA contacts. After this initial contact, a hinge-like intermediate state is formed in which one end of H33258 inserts into the minor groove of DNA. Following hinge state formation is a concerted motion whereby the second end of H33258 swings into the minor groove and the spine of hydration along the minor groove causing dehydration. This study illustrates how WE-enhanced simulations of biomolecular ligation processes can offer novel mechanistic insights by generating ensembles of binding events.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
李涛发布了新的文献求助10
刚刚
煜钧完成签到,获得积分20
刚刚
九月完成签到,获得积分10
1秒前
小城故事和冰雨完成签到,获得积分10
3秒前
6秒前
myuniv完成签到,获得积分10
8秒前
Jeffery426发布了新的文献求助10
9秒前
热切菩萨应助Jeffery426采纳,获得10
18秒前
24秒前
35秒前
Sofia完成签到 ,获得积分10
37秒前
刘天虎研通完成签到 ,获得积分10
40秒前
闪闪的荔枝完成签到 ,获得积分10
41秒前
zzz完成签到 ,获得积分10
42秒前
科研临床两手抓完成签到 ,获得积分10
49秒前
AJ完成签到 ,获得积分10
58秒前
娜娜子完成签到 ,获得积分10
59秒前
zijingsy完成签到 ,获得积分10
59秒前
坚强的广山给Enchanted的求助进行了留言
1分钟前
机智柚子完成签到,获得积分10
1分钟前
YCampion完成签到,获得积分10
1分钟前
OCDer应助科研通管家采纳,获得200
1分钟前
大个应助科研通管家采纳,获得10
1分钟前
姬鲁宁完成签到 ,获得积分10
1分钟前
kkkim完成签到 ,获得积分10
1分钟前
虚心的正豪完成签到,获得积分10
1分钟前
1分钟前
yk完成签到 ,获得积分10
1分钟前
认真丹亦完成签到 ,获得积分10
1分钟前
现代元灵完成签到 ,获得积分10
1分钟前
忧伤的八宝粥完成签到,获得积分10
1分钟前
jun完成签到 ,获得积分10
1分钟前
yedo完成签到,获得积分10
1分钟前
www完成签到 ,获得积分10
1分钟前
2分钟前
真的耶完成签到 ,获得积分10
2分钟前
缓慢芙完成签到,获得积分10
2分钟前
xixialison应助hello采纳,获得10
2分钟前
留胡子的书桃完成签到 ,获得积分10
2分钟前
Xin完成签到 ,获得积分10
2分钟前
高分求助中
Un calendrier babylonien des travaux, des signes et des mois: Séries iqqur îpuš 1036
Sustainable Land Management: Strategies to Cope with the Marginalisation of Agriculture 1000
Corrosion and Oxygen Control 600
Python Programming for Linguistics and Digital Humanities: Applications for Text-Focused Fields 500
Heterocyclic Stilbene and Bibenzyl Derivatives in Liverworts: Distribution, Structures, Total Synthesis and Biological Activity 500
重庆市新能源汽车产业大数据招商指南(两链两图两池两库两平台两清单两报告) 400
Division and square root. Digit-recurrence algorithms and implementations 400
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 有机化学 工程类 生物化学 纳米技术 物理 内科学 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 电极 光电子学 量子力学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 2546210
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2175672
关于积分的说明 5600310
捐赠科研通 1896399
什么是DOI,文献DOI怎么找? 946273
版权声明 565379
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 503557