본 연구에서는 24개의 다른 시, 군에서 재배하여 수확된 금고추의 capsaicin과 dihydrocapsaicin의 함량을 분석함으로써 동일품종의 고추에 대한 재배지역의 영향을 살펴보고자 하였다. Capsaicin 및 dihydrocapsaicin 분석을 위해 methanol을 이용한 추출법과 역상 HPLC가 사용되었다. 분석방법을 검증하기 위하여 재현성, 반복성, 회수율 및 peak purity를 구하였으며, 그 결과 재현성과 반복성의 CV는 5%이하였고 회수율은 90% 이상으로 우수하였다. 분석결과 금고추의 capsaicin 함량 평균값은 37.35 mg/100 g, dihydrocapsaicin은 19.15 mg/100 g으로 나타났다. 양평군에서 재배된 금고추의 capsaicin 및 dihydrocapsaicin 함량이 77.68, 41.42 mg/100 g으로 가장 높았으며, 무주군에서는 capsaicin 14.98 mg/100 g, dihydrocapsaicin 7.46 mg/100 g으로 가장 작은 값을 보였다. 금고추의 capsaicin 함량 및 dihydrocapsaicin 함량은 도별로 통계적으로 유의적인 차이를 보이지 않았다. 본 연구결과는 동일한 품종의 고추의 capsaicinoid 함량에 대한 재배지역의 차이를 알아봄과 앞으로의 추후 연구의 기초 데이터로 사용될 수 있을 것이다.