Roseovarius pelagicus sp. nov., a facultatively anaerobic bacterium with potential for degrading polypropylene, isolated from Arctic seawater

生物 16S核糖体RNA 系统发育树 基因组DNA 拉伤 细菌 基因组大小 微生物学 基因 遗传学 基因组 解剖
作者
Yeon Woo Hong,Gwang Il Jang,Soo Yoon Kim,Jy Young Choi,Bok Jin Kim,Dong Young Shin,Jin Kyeong Kang,Seung‐Kyu Kim,Byung Cheol Cho,Chung Yeon Hwang
出处
期刊:International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [Microbiology Society]
卷期号:73 (8) 被引量:2
标识
DOI:10.1099/ijsem.0.005999
摘要

A Gram-stain-negative, facultatively anaerobic, non-motile, rod-shaped bacterial strain, designated HL-MP18 T , was isolated from Arctic seawater after a prolonged incubation employing polypropylene as the sole carbon source. Phylogenetic analyses of the 16S rRNA gene sequence revealed that strain HL-MP18 T was affiliated to the genus Roseovarius with close relatives Roseovarius carneus LXJ103 T (96.8 %) and Roseovarius litorisediminis KCTC 32327 T (96.5 %). The complete genome sequence of strain HL-MP18 T comprised a circular chromosome of 3.86 Mbp and two circular plasmids of 0.17 and 0.24 Mbp. Genomic comparisons based on average nucleotide identity and digital DNA–DNA hybridization showed that strain HL-MP18 T was consistently discriminated from its closely related taxa in the genus Roseovarius . Strain HL-MP18 T showed optimal growth at 25 °C, pH 7.0 and 2.5 % (w/v) sea salts. The major cellular fatty acids were C 18 : 1 ω 6 c and/or C 18 : 1 ω 7 c (49.6 %), C 19 : 0 cyclo ω 8 c (13.5 %), and C 16 : 0 (12.8 %). The major respiratory quinone was ubiquinone-10. The polar lipids consisted of phosphatidylcholine, phosphatidylglycerol, an unidentified aminolipid and three unidentified lipids. The genomic DNA G+C content of the strain was 59.2 mol%. The phylogenetic, genomic, phenotypic and chemotaxonomic results indicate that strain HL-MP18 T is distinguishable from the recognized species of the genus Roseovarius . Therefore, we propose that strain HL-MP18 T represents a novel species belonging to the genus Roseovarius , for which the name Roseovarius pelagicus sp. nov. is proposed. The type strain is HL-MP18 T (=KCCM 90405 T =JCM 35639 T ).

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