Detection and Molecular Characterization of Two Genotypes of Goose Parvoviruses Isolated from Growing Period Geese and Cherry Valley Ducks in China

Goose parvovirus (GPV) is the etiologic pathogen of Derzsy's disease, causing great economic losses in the waterfowl industry. A novel GPV-related virus (NGPV), which caused short beak and dwarfism syndrome, has occurred in China since 2015. In this study, two GPV strains (RC45 and RC70) were isolated from diseased growing period geese (45 days old and 70 days old), and one NGPV strain GXN45 was isolated from a 45-day-old Cherry Valley duck in China. To better understand the genetic diversity between GPVs isolated from growing period waterfowls and other classical waterfowl parvoviruses, the complete genomes and main genes were sequenced and analyzed. Full-length genomic sequence alignments demonstrated that both RC45 and RC70 showed the highest identity with classical GPVs YZ99-6 and SHFX1201, whereas GXN45 shared the highest identity with NGPV SDLC01. Sequence alignment of the inverted terminal repeat region showed that GXN45, RC45, and RC70 had two 14-nucleotide (nt) deletions compared with the classical GPV virulent B strain and one 14-nt deletion compared with mule duck-origin NGPV M15 strain. Phylogenetic tree analysis of nonstructural and VP1 genes showed that GXN45 was clustered into a branch with NGPV QH15 strain except for the VP1 amino acid tree. Although both RC45 and RC70 formed one separate branch distinct from classic GPV isolates, they were in one large phylogenetic tree branch. This study will contribute to a better understanding of the genetic diversity and molecular characterization of three isolated parvoviruses and lay the foundation to further study the relationship between mutations of virus genome and viral pathogenicity.Detección y caracterización molecular de dos genotipos del parvovirus del ganso aislados de gansos en período de crecimiento y de patos Cherry Valley en China. El parvovirus del ganso (GPV) es el patógeno etiológico de la enfermedad de Derzsy, que causa grandes pérdidas económicas en la industria de las aves acuáticas. Un nuevo virus relacionado con el parvovirus del ganso (NGPV), que causó el síndrome de pico corto y enanismo, se ha presentado en China desde el año 2015. En este estudio, se aislaron dos cepas de parvovirus del ganso (RC45 y RC70) a partir de gansos enfermos en período de crecimiento (45 días de edad y 70 días) y se aisló una cepa del nuevo virus relacionado con el parvovirus del ganso, cepa GXN45 a partir de un pato Cherry Valley de 45 días de edad en China. Para comprender mejor la diversidad genética entre los aislamientos del parvovirus del ganso de aves acuáticas en período de crecimiento y de otros parvovirus clásicos de aves acuáticas, se secuenciaron y analizaron los genomas completos y los genes principales. Las alineaciones de secuencias genómicas completas demostraron que tanto RC45 como RC70 mostraron la identidad más alta con los parvovirus de ganso clásicos cepas YZ99-6 y SHFX1201, mientras que la cepa GXN45 compartió la identidad más alta con nuevo virus relacionado con el parvovirus del ganso cepa SDLC01. La alineación de la secuencia de la región repetida invertida terminal mostró que las cepas GXN45, RC45 y RC70 tenían dos deleciones de 14 nucleótidos (nt) en comparación con la cepa B clásica virulenta del parvovirus del ganso y una deleción de 14 nucleótidos en comparación con la cepa M15 de un virus nuevo relacionado con el parvovirus del ganso originado en patos mula. El análisis del árbol filogenético de los genes no estructurales y VP1 mostró que la cepa GXN45 se agrupó en una rama con la cepa QH15 del nuevo virus relacionado con el parvovirus del ganso, excepto en el árbol de aminoácidos de VP1. Aunque tanto RC45 como RC70 formaron una rama separada distinta de los aislados de parvovirus de ganso clásicos, estaban en una rama de árbol filogenética grande. Este estudio contribuirá a una mejor comprensión de la diversidad genética y en la caracterización molecular de tres aislamientos de parvovirus aislados y contribuirá con las bases para seguir estudiando la relación entre las mutaciones del genoma del virus y la patogenicidad viral.