胎児は母体にとり半異物（semiallograft）であるが，妊娠時には免疫トレランスが存在するため，胎児は拒絶されることなく妊娠が維持される．これらトレランスの誘導に重要な役割を果たすのが制御性T細胞（Treg）である．興味あることに精漿中に含まれる父親抗原により，着床前には子宮所属リンパ節中に父親抗原特異的Treg細胞が増加し，着床後には直ちに子宮で父親抗原特異的Tregが増加し妊娠が維持される．Tregには胸腺由来と胸腺外Tregが存在するが，胎盤を有する動物では胸腺外Tregが妊娠維持に重要である．また妊娠中に母体から少量の血液が胎児に流入し，ミクロキメリズムとなるが，母親由来のMHCに対して胎児は免疫寛容を獲得する．この母子間免疫寛容の破綻が自己免疫疾患の一因となる．母親のMHCと一致する男性との妊娠では，トレランスが生じやすい．一方，アロ妊娠で妊娠中にTregを除去すると流産が生じる（マウスの系）．ヒトにおいても胎児染色体正常の流産例では妊娠子宮内でのTregが減少しeffector T細胞が増加している．また，胎児が完全異物である場合（卵子提供妊娠，胚提供妊娠）や精漿の暴露が少ないハネムーンベビーの場合，妊娠高血圧症候群の発症率が高くなり，精漿によるTregの誘導が不十分である事を示唆する．事実，妊娠高血圧腎症ではTregの数も機能も減少している．