Transcriptomic analysis provides molecular insights into immune response of Ruditapes philippinarum under Vibrio parahaemolyticus challenge

花帘蛤属 副溶血性弧菌 肝胰腺 生物 转录组 小桶 免疫系统 微生物学 牙鲆 基因 渔业 基因表达 免疫学 遗传学 生态学 细菌
作者
Jie Yu,Hongtao Nie,Zhihui Yin,Xiwu Yan
出处
期刊:Aquaculture [Elsevier]
卷期号:569: 739365-739365 被引量:2
标识
DOI:10.1016/j.aquaculture.2023.739365
摘要

Ruditapes philippinarum is one of the most commercially important bivalve shellfish. However, the clam aquaculture industry has faced a great challenge due to Vibrio parahaemolyticus in recent years. In this study, we performed RNA-seq to profile the transcriptome of hepatopancreas tissue in the R. philippinarum with resistant individuals (survival group, VpS) and susceptible individuals (moribund group, VpM) after V. parahaemolyticus infection. A total of 1082 and 1876 differentially expressed genes were identified in the VpS group and VpM group after infection, respectively. The KEGG analysis reveal that immune related functional genes were significantly enriched in AMPK (5’-AMP-activated protein kinase), mTOR (mammalian target of rapamycin) signaling pathway, Autophagy and Lysosome, and phagosome in the hepatopancreas of Manila clams under V. parahaemolyticus challenge. For the RNA-seq validation, we verified 14 immune related DEGs by real-time quantitative PCR (qPCR). In addition, histological observation of hepatopancreas from Manila clam after V. parahemolyticus challenge was conducted and inflammatory response in tissues were appeared from the pathological morphology. The results obtained in this work provide valuable insights into the immune function of R. philippinarum under V. parahaemolyticus challenge.
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