基于 RNA-seq牡丹 SSR标记开发及通用性分析

从牡丹花色候选基因中开发一套 SSR 标记，为牡丹花色分子遗传学研究和分子标记辅助育种提供帮助。本研究基于高通量转录组测序技术 (RNA-seq) 获得了 278 条涉及调控牡丹花色形成的 Unigenes 序列，利用 SSRIT 在 128 条 Unigenes 中检测到 215 个 SSR 位点，出现频率为 46.04% 。其中优势重复基序为二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复，分别占总 SSR 位点的 18.60% 、 41.86% 和 36.28% ，优势重复基元为 TC/GA 和 AT/TA ，分别占二核苷酸重复的 30.00% 和 27.50% 。在此基础上，从中选择 100 对 SSR 引物合成，以牡丹品种基因组 DNA 为模板，验证其有效性和多态性。结果表明，有效引物 50 对 ( 占 50%) ，多态性引物 12 对 ( 占 24%) 。 12 对多态性引物在芍药属 12 个不同种质内进行通用性检测，转移率范围为 83.33%~100% ，平均转移率为 96.53% ，表明牡丹 SSR 标记在芍药属内具有较高的通用性。利用高通量 RNA-seq 开发牡丹候选基因 SSR 标记可为牡丹功能基因挖掘、品种分子身份证构建、遗传多样性分析和分子标记辅助选择育种等提供重要的遗传资源。