Erratum to: An improved assembly of the loblolly pine mega-genome using long-read single-molecule sequencing

作者
Aleksey V. Zimin,Kristian Stevens,Marc Crepeau,Daniela Puiu,Jill Wegrzyn,James A. Yorke,Charles H. Langley,David B. Neale,Steven L. Salzberg
出处
期刊:GigaScience [University of Oxford]
卷期号:6 (10): 1-1 被引量:21
标识
DOI:10.1093/gigascience/gix072
摘要

The 22-gigabase genome of loblolly pine (Pinus taeda) is one of the largest ever sequenced. The draft assembly published in 2014 was built entirely from short Illumina reads, with lengths ranging from 100 to 250 base pairs (bp). The assembly was quite fragmented, containing over 11 million contigs whose weighted average (N50) size was 8206 bp. To improve this result, we generated approximately 12-fold coverage in long reads using the Single Molecule Real Time sequencing technology developed at Pacific Biosciences. We assembled the long and short reads together using the MaSuRCA mega-reads assembly algorithm, which produced a substantially better assembly, P. taeda version 2.0. The new assembly has an N50 contig size of 25 361, more than three times as large as achieved in the original assembly, and an N50 scaffold size of 107 821, 61% larger than the previous assembly.

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
123456完成签到,获得积分10
刚刚
blossom完成签到,获得积分20
1秒前
城北徐公发布了新的文献求助10
2秒前
wqh应助明理诗槐采纳,获得10
4秒前
始皇帝完成签到,获得积分10
7秒前
WATQ发布了新的文献求助50
7秒前
北冥有鱼关注了科研通微信公众号
8秒前
vkingda完成签到,获得积分10
9秒前
好叔叔发布了新的文献求助10
10秒前
12秒前
zz完成签到,获得积分10
13秒前
非洲大象发布了新的文献求助150
13秒前
rrr应助柔弱的葫芦娃采纳,获得30
16秒前
糖糖糖发布了新的文献求助20
17秒前
19秒前
yyy完成签到,获得积分10
20秒前
coolhoo完成签到,获得积分20
20秒前
天天快乐应助木子采纳,获得10
21秒前
落后的玉米完成签到,获得积分10
22秒前
Dean应助科研通管家采纳,获得50
23秒前
23秒前
张张发布了新的文献求助10
23秒前
23秒前
四喜丸子应助科研通管家采纳,获得10
24秒前
核桃应助科研通管家采纳,获得30
24秒前
核桃应助科研通管家采纳,获得30
24秒前
思源应助科研通管家采纳,获得10
24秒前
苏益潭完成签到 ,获得积分10
24秒前
脑洞疼应助科研通管家采纳,获得10
24秒前
SciGPT应助科研通管家采纳,获得10
24秒前
爆米花应助科研通管家采纳,获得10
25秒前
研友_VZG7GZ应助科研通管家采纳,获得10
25秒前
隐形曼青应助科研通管家采纳,获得10
25秒前
深情安青应助科研通管家采纳,获得10
25秒前
丘比特应助美好寇采纳,获得10
25秒前
25秒前
王也发布了新的文献求助20
25秒前
星辰大海应助科研通管家采纳,获得10
25秒前
26秒前
科研通AI6.4应助高熵君采纳,获得10
26秒前
高分求助中
(应助此贴封号)【重要!!请各用户(尤其是新用户)详细阅读】【科研通的精品贴汇总】 10000
Principles of town planning: translating concepts to applications 1000
Navigating Normative Orders. Interdisciplinary Perspectives 800
1 Peter and Christ's Descent to the Dead in Its Early Christian Reception 700
Organizational Behavior 510
Management and the Arts 510
Matrix Methods in Data Mining and Pattern Recognition Second Edition 510
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 纳米技术 工程类 有机化学 化学工程 生物化学 计算机科学 内科学 物理 复合材料 催化作用 细胞生物学 无机化学 光电子学 物理化学 电极 基因
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 7740693
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 9289281
关于积分的说明 20195025
捐赠科研通 7318891
什么是DOI,文献DOI怎么找? 3306508
关于科研通互助平台的介绍 2458788
邀请新用户注册赠送积分活动 2316746