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iNID: An Analytical Framework for Identifying Network Models for Interplays among Developmental Signaling in Arabidopsis
作者
Daeseok,
Choi,
Jaemyung,
Byeongsoo,
Kang,
Seungchul,
Lee,
Young-hyun,
Cho,
Ildoo,
Hwang,
Daehee
出处
期刊:分子植物:英文版
日期:2014-01-01
卷期号: (5): 792-813
链接
cqvip.com
摘要
进发展节目的内部、外部的暗示的集成为植物的生长和开发是不可缺少的,它在表明内部、外部的因素(IEF ) 激活的小径之中包含复杂相互影响。然而,译码这些复杂相互影响仍然是挑战性的。这里,我们在场识别关键管理者和网络的一个基于万维网的平台当模特儿描出在 Arabidopsis 的在发展发信号之中的相互影响(iNID ) 。iNID 提供一个全面资源(1 ) 以前在条件下面收集的 transcriptomes 与 IEF 的 broadspectrum 对待并且(2 ) 在 Arabidopsis 的蛋白质和基因 interactome 数据。另外, iNID 为用 transcriptome 和 interactome 数据识别与相互影响 amongIEFs 有关的关键管理者和网络模型提供一连串的工具。表明 iNID 的用途,我们调查了相互影响(1 ) phytohormonesand 光并且(2 ) 植物激素和关於生命的压力。结果揭示了相互影响的 34 个潜在的管理者,没与相互影响联合被报导,并且也联网描出的模型的 someof involvementof 在相互影响,进植物激素一起定义的相互影响的提供的新奇卓见,灯,和关於生命的压力的 34 个管理者。我们然后试验性地证实在选择管理者之中, BME3 和 TEM1 是 involvedin auxinbrassinosteroid (BR ) 蓝色光相互影响。因此, iNID 用作一个有用工具在 IEFs.Key 词之中为 understandinginterplays 提供一个基础:
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