NS1 from Two Zika Virus Strains Differently Interact with a Membrane: Insights to Understand Their Differential Virulence

寨卡病毒 表位 生物 黄病毒 膜蛋白 登革热病毒 毒力 脂质双层 登革热 病毒 表型 生物物理学 化学 计算生物学 病毒学 遗传学 抗原 基因
作者
Sergio Alejandro Poveda Cuevas,Fernando Luís Barroso da Silva,Catherine Etchebest
出处
期刊:Journal of Chemical Information and Modeling [American Chemical Society]
卷期号:63 (4): 1386-1400
标识
DOI:10.1021/acs.jcim.2c01461
摘要

Zika virus (ZIKV) from Uganda (UG) expresses a phenotype related to fetal loss, whereas the variant from Brazil (BR) induces microcephaly in neonates. The differential virulence has a direct relation to biomolecular mechanisms that make one strain more aggressive than the other. The nonstructural protein 1 (NS1) is a key viral toxin to comprehend these viral discrepancies because of its versatility in many processes of the virus life cycle. Here, we aim to examine through coarse-grained models and molecular dynamics simulations the protein–membrane interactions for both NS1ZIKV-UG and NS1ZIKV-BR dimers. A first evaluation allowed us to establish that the NS1 proteins, in the membrane presence, explore new conformational spaces when compared to systems simulated without a lipid bilayer. These events derive from both differential coupling patterns and discrepant binding affinities to the membrane. The N-terminal domain, intertwined loop, and greasy finger proposed previously as binding membrane regions were also computationally confirmed by us. The anchoring sites have aromatic and ionizable residues that manage the assembly of NS1 toward the membrane, especially for the Ugandan variant. Furthermore, in the presence of the membrane, the difference in the dynamic cross-correlation of residues between the two strains is particularly pronounced in the putative epitope regions. This suggests that the protein–membrane interaction induces changes in the distal part related to putative epitopes. Taken together, these results open up new strategies for the treatment of flaviviruses that would specifically target these dynamic differences.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
SH完成签到,获得积分10
1秒前
小马甲应助科研通管家采纳,获得10
1秒前
小马甲应助科研通管家采纳,获得10
1秒前
Ava应助科研通管家采纳,获得10
1秒前
脑洞疼应助科研通管家采纳,获得10
1秒前
wushuimei完成签到 ,获得积分10
1秒前
4秒前
wuyanan513发布了新的文献求助30
9秒前
鞘皮完成签到,获得积分10
19秒前
kkscanl完成签到 ,获得积分10
23秒前
Cold-Drink-Shop完成签到,获得积分10
24秒前
过时的豁完成签到,获得积分10
30秒前
lu完成签到,获得积分10
33秒前
S飞完成签到 ,获得积分10
41秒前
过时的豁发布了新的文献求助10
41秒前
勇往直前完成签到,获得积分10
42秒前
45秒前
勇往直前发布了新的文献求助10
48秒前
风趣霆完成签到,获得积分10
50秒前
李涛发布了新的文献求助10
55秒前
煜钧完成签到,获得积分20
55秒前
九月完成签到,获得积分10
56秒前
小城故事和冰雨完成签到,获得积分10
58秒前
1分钟前
myuniv完成签到,获得积分10
1分钟前
Jeffery426发布了新的文献求助10
1分钟前
热切菩萨应助Jeffery426采纳,获得10
1分钟前
1分钟前
1分钟前
Sofia完成签到 ,获得积分10
1分钟前
刘天虎研通完成签到 ,获得积分10
1分钟前
闪闪的荔枝完成签到 ,获得积分10
1分钟前
zzz完成签到 ,获得积分10
1分钟前
科研临床两手抓完成签到 ,获得积分10
1分钟前
AJ完成签到 ,获得积分10
1分钟前
娜娜子完成签到 ,获得积分10
1分钟前
zijingsy完成签到 ,获得积分10
1分钟前
坚强的广山给Enchanted的求助进行了留言
1分钟前
机智柚子完成签到,获得积分10
1分钟前
YCampion完成签到,获得积分10
1分钟前
高分求助中
Un calendrier babylonien des travaux, des signes et des mois: Séries iqqur îpuš 1036
Sustainable Land Management: Strategies to Cope with the Marginalisation of Agriculture 1000
Corrosion and Oxygen Control 600
Python Programming for Linguistics and Digital Humanities: Applications for Text-Focused Fields 500
Heterocyclic Stilbene and Bibenzyl Derivatives in Liverworts: Distribution, Structures, Total Synthesis and Biological Activity 500
重庆市新能源汽车产业大数据招商指南(两链两图两池两库两平台两清单两报告) 400
Division and square root. Digit-recurrence algorithms and implementations 400
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 有机化学 工程类 生物化学 纳米技术 物理 内科学 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 电极 光电子学 量子力学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 2546210
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2175672
关于积分的说明 5600310
捐赠科研通 1896399
什么是DOI,文献DOI怎么找? 946273
版权声明 565379
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 503557