Global identification of direct SWI/SNF targets reveals compensation by EP400

瑞士/瑞士法郎 SMARCA4型 染色质结构重塑复合物 染色质重塑 发起人 增强子 染色质 心理压抑 生物 转录因子 遗传学 基因 核小体 细胞生物学 癌症研究 基因表达
作者
Benjamín Martín,Eileen F. Ablondi,Christine Goglia,Karen Adelman
标识
DOI:10.1101/2023.03.07.531379
摘要

Summary Mammalian SWI/SNF chromatin remodeling complexes move and evict nucleosomes at gene promoters and enhancers to modulate DNA access. Although SWI/SNF subunits are commonly mutated in disease, therapeutic options are limited by our inability to predict SWI/SNF gene targets and conflicting studies on functional significance. Here, we leverage a fast-acting inhibitor of SWI/SNF remodeling to elucidate direct targets and effects of SWI/SNF. Blocking SWI/SNF activity causes a rapid and global loss of chromatin accessibility and transcription. Whereas repression persists at most enhancers, we uncover a compensatory role for the EP400/TIP60 remodeler, which reestablishes accessibility at most promoters during prolonged loss of SWI/SNF. Indeed, we observe synthetic lethality between EP400 and SWI/SNF in lung cancer cell lines and human cancer patient data. Our data define a set of molecular genomic features that accurately predict gene sensitivity to SWI/SNF inhibition in diverse cancer cell lines, thereby improving the therapeutic potential of SWI/SNF inhibitors. Highlights - Genes repressed by long-term SWI/SNF loss do not accurately reflect direct targets - Promoters that fail to reestablish activity are those lacking a compensatory remodeler - Accessibility and activity recovery requires EP400, synthetically lethal with SWI/SNF - SWI/SNF dependence in cancer cells can be predicted from the promoter chromatin state
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
PDF的下载单位、IP信息已删除 (2025-6-4)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
刚刚
yangz发布了新的文献求助10
1秒前
机智绝悟完成签到,获得积分10
2秒前
AURORA发布了新的文献求助10
3秒前
星辰大海应助庸俗采纳,获得10
3秒前
派大星完成签到,获得积分10
3秒前
QC完成签到,获得积分10
3秒前
饿崽要吃饭完成签到,获得积分10
3秒前
感动的初雪完成签到,获得积分20
3秒前
m62946发布了新的文献求助30
3秒前
SciGPT应助温柔翰采纳,获得10
4秒前
4秒前
5秒前
思源应助稳重的傲芙采纳,获得10
5秒前
5秒前
kunkun小王完成签到,获得积分20
5秒前
无私书雪发布了新的文献求助10
6秒前
7秒前
与非完成签到,获得积分10
7秒前
流萤完成签到,获得积分10
7秒前
7秒前
哇哈哈哈发布了新的文献求助10
7秒前
雾失楼台完成签到,获得积分10
8秒前
8秒前
Gaoge完成签到,获得积分10
8秒前
pengpengyin发布了新的文献求助10
9秒前
alpha完成签到 ,获得积分10
10秒前
小广完成签到,获得积分10
10秒前
王乐多发布了新的文献求助10
10秒前
木每发布了新的文献求助10
10秒前
11秒前
流萤发布了新的文献求助10
11秒前
11秒前
silence发布了新的文献求助10
11秒前
weiliaier完成签到,获得积分10
12秒前
与非发布了新的文献求助10
12秒前
SYLH应助红尘踏歌采纳,获得20
12秒前
12秒前
Sandy完成签到,获得积分10
12秒前
乐观的傲芙完成签到,获得积分10
12秒前
高分求助中
【请各位用户详细阅读此贴后再求助】科研通的精品贴汇总(请勿应助) 10000
Les Mantodea de Guyane: Insecta, Polyneoptera [The Mantids of French Guiana] 3000
徐淮辽南地区新元古代叠层石及生物地层 3000
The Mother of All Tableaux: Order, Equivalence, and Geometry in the Large-scale Structure of Optimality Theory 3000
Research on Disturbance Rejection Control Algorithm for Aerial Operation Robots 1000
Global Eyelash Assessment scale (GEA) 1000
Comparison analysis of Apple face ID in iPad Pro 13” with first use of metasurfaces for diffraction vs. iPhone 16 Pro 500
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 生物化学 物理 内科学 纳米技术 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 冶金 细胞生物学 免疫学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 4049160
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3587106
关于积分的说明 11398496
捐赠科研通 3313646
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1822928
邀请新用户注册赠送积分活动 894874
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 816557