青藏高原裂腹鱼亚科鱼类的分类、系统发育和生物地理学—基于线粒体DNA细胞色素b的研究

裂腹鱼亚科隶属于鲤形目（Cypriniformes），鲤科（Cyprinidae），是特产于亚洲高原地区的一群鲤科鱼类，全球共有15属，约100多个种。在中国，共有10~11属，约70余种，占世界裂腹鱼有效种数的80%以上，主要分布在青藏高原及其毗邻的河流、湖泊之中，极适应于青藏高原水域的生物条件和非生物条件，是青藏高原鱼类三大类群之一。由于青藏高原特殊的地理环境，分布在高原的裂腹鱼亚科鱼类在长期的进化演变过程中逐步形成了耐高寒、抗缺氧等优良特性，曾一度受到生物学家的注目。虽然，生物学家已从传统分类学、细胞遗传学、生物化学、生态学等方面对裂腹鱼亚科鱼类进行了大量的研究，但是在该亚科鱼类系统发育关系和历史生物地理学研究方面存在较大的空白和争议。因此，本文利用线粒体细胞色素b序列构建了裂腹鱼亚科鱼类属间系统发育关系，在此基础上，选择一广布属和一广布种分别研究了广布属的系统发育关系和广布种遗传多样性以及种群历史结构，获得以下研究结论： 1. 利用本亚科鱼类18条新测定的cyt b 序列和18条已发表序列（来自GenBank），以及13条鲤科相关亚科鱼类序列，构建了最大似然树（ML）、最大简约树（MP）和贝叶斯（Bayesian）系统发育树。采用KH 和SH 对不同系统发育假设进行了检验。并应用NPRS法估算了裂腹鱼亚科鱼类的分化时间，结果表明：（1）裂腹鱼亚科鱼类是一个存在于自然界的单系群，并且与鲃亚科鱼类有着较近的亲缘关系，支持裂腹鱼亚科鱼类源自鲃亚科鱼类的观点；（2）裂腹鱼亚科鱼类分为三个大的族群，第一族群仅包括Schizothorax，第二族群包括Diptychus和Gymnodiptychus，第三族群包括Ptychobarbus、Gymnocypris、Oxygymnocypris、Schizopygopsis、Chuanchia、Platypharodon和Herzensteinia，其中，第一族群作为原始群置于发育树底部，而第三族群的Schizopygopsis处于发育树顶部，与形态特征构建的系统发育不相一致。（3）序列差异、系统发育关系和KH 和SH 检验均支持将高原鱼属（Herzensteinia）合并到裸裂尻鱼属（Schizopygopsis）的观点，同时不支持将Schizothorax下分两个亚属的观点。（4）分子钟估计显示裂腹鱼亚科鱼类起源于14.1Mya，主要族群分化时间在11.2Mya和9.5 Mya，而其主要种化事件发生于6.1~0.4 Mya，暗示青藏高原自6.1Mya以后所发生的强烈隆升事件对裂腹鱼亚科鱼类的物种分化、扩散产生了深刻的影响。 2. 裸裂尻鱼属（Schizopygopsis）是裂腹鱼亚科鱼类的一个广布属，分布于青藏高原主要水系，其栖息地涵盖1300~5200m的不同海拔梯度，是裂腹鱼亚科鱼类中研究物种进化与青藏高原隆升之间关系的模式属。本研究测定了31个个体，共10个种和亚种的cyt b 序列。通过ML、MP、NJ和Bayesian系统发育分析，结合分子钟估计和隔离-扩散（Dispersal-vicariance）分析结果表明：（1）裸裂尻鱼属鱼类是一个单系群，分成四个主要族群，第一族群包括来自西藏的G. namensis、S. younghusbandi、S. younghusbandi wui和S. younghusbandi himalayensis，第二族群只有S. anteroventris，该种仅分布在澜沧江上游干支流，第三族群由S. malacanthus和S. thermalis两个种组成，前者分布在雅砻江上游干支流水系，后者仅分布在怒江上游支流中，第四族群包括五个种和亚种，H. microcephalus、S. chengi、S. kialingensis、S. pylzovi和S. kessleri，其中S. younghusbandi处于进化树的基底部；（2）序列差异和系统发育关系支持S. kessleri是S. pylzovi的同物异名的观点，将S. chengi提升为独立种，并支持引用S. anteroventris的种名，将G. namensis纳入到该属中；（3）裸裂尻鱼属鱼类在长期的演化过程中发生了某些形态特征，如下颌角质化边缘、下咽骨形状等的趋同进化，利用这些性状进行分类学地位研究和构建系统发育关系要慎重。（4）本文所估计的裸裂尻鱼属鱼类的物种起源在2.65百万年左右，对应于青藏运动A幕晚期，而主要物种的形成时间对应于青藏运动C幕，表明裸裂尻鱼属鱼类的物种起源和分化等进化事件，可能与青藏高原自3.6百万年前开始的强烈隆升所致的高原水系变迁和生态环境的变化有着密切的关系，而青藏运动C幕后的古气候波动和水系演化可能对该属鱼类种化和扩散居有重要作用。（5）裸裂尻鱼属鱼类目前离散的分布格局可能源自祖先广泛分布域的片断化（Vicariance），即在物种分化和形成中隔离事件发挥了主导作用，而并不是通过扩散（Dispersal）来自于局限的起源中心。 3. 黄河裸裂尻鱼（S. pylzovi）广泛分布于黄河水系干支流、柴达木内流水系和高原诸多湖泊。作为一个重要的渔业资源，S. pylzovi在青藏高原淡水生态系统的食物链中具有重要的地位，但是其分布在地理上呈离散状。本研究测定了来自黄河干支流、柴达木内陆水系和封闭性湖泊的9个栖息水域133个个体的cyt b 序列。通过系统发育分析、遗传多样性、种群结构和嵌套进化支序分析（NCPA），结果表明：（1）分布于外流水系和托索湖的黄河裸裂尻鱼种群核苷酸多样显示为中等水平（0.0024~0.0045），而来自柴达木盆地的种群表现出非常低的核苷酸多样度（0.0018~0.0021），这可能与柴达木盆地古气候环境的波动有关，暗示柴达木盆地的黄河裸裂尻鱼种群可能经历过某种瓶颈效应；（2）黄河裸裂尻鱼在水系内种群间或水系间具有显著的遗传差异，反映出黄河裸裂尻鱼具有显著的种群结构。古气候环境的波动和主要水系的演化可能促进了黄河裸裂尻鱼种群的邻域扩张，但是后续水系间的地理隔离导致了黄河裸裂尻鱼分布域的片段化，从而使种群间的基因交流受阻；（3）黄河裸裂尻鱼各种群间的隔离事件相对较晚，致使在分子系统发育树中没有形成各种群相应的单系群；（4）黄河裸裂尻鱼种群Fs具有显著的负值（-24.91, P<0.01），结合单倍型歧点分布分析，说明黄河裸裂尻鱼曾经经历过突然或近期的种群扩张事件。种群大爆发事件可能发生于青藏高原共和运动后（0.11Mya）；（5）就黄河裸裂尻鱼目前种群结构和各种群间基因交流受阻的状况而言，各种群应该独立管理和保护，从而达到保存种群遗传完整性的目的。 4. 相似或相同的栖息地生态环境通常会引发物种间的表型趋同进化，分布于南门峡河流的裂腹鱼亚科鱼类是这种进化的一个典型实例。本研究测定了南门峡裂腹鱼亚科鱼类（n=29）及其近缘种（n=19）共48个个体的cyt b序列，并以厚唇裸重鱼和尖裸鲤为外群构建了MP和Bayesian 系统进化树。结果表明，南门峡裂腹鱼亚科鱼类29个个体在系统发育树上分布于两个截然不同的族群中，表明分南门峡裂腹鱼亚科鱼类可能是花斑裸鲤和黄河裸裂尻鱼形态相似种的复合体。结合青藏高原隆升所致的气候环境变化和高原北部水系变迁的事件，推断形态趋同进化可能导致了南门峡河流裂腹鱼亚科鱼类形态相似种的共存，而小生境自然选择压力是引发适应性形态趋同进化的主要原因。