New Insights into Nested Long Terminal Repeat Retrotransposons in Brassica Species

长终端重复(LTR ) retrotransposons， transposons 的最前的类型之一，不断地改变或修改并且通过戏剧的增长的爆炸重新组织染色体基因功能。许多 LTR-TEs 优先地在另外的 LTR-TEs，而是原因和这些嵌套的 LTR-TEs 的进化意义以内插入很好没被理解。在这研究，包含 2020 个细菌的人工的染色体(用绳子拖的平底渡船) 的 Brassica 顺序的 1.52Gb 的一个总数被扫描，并且六个细菌的人工的染色体(用绳子拖的平底渡船) 与极其嵌套的 LTR-TEs 克隆(LTR-TEs 密度：7.24/kb ) 为进一步的分析被选择。在六条用绳子拖的平底渡船中的四个的 LTR-TEs 的多数被发现从在 BAC 区域以内发源的 retrotransposons 的快速的增长被发源，与仅仅从从在用绳子拖的平底渡船区域外面的 retrotransposons 的增长和插入发源的一些 LTR-TEs 近似 523Mya。LTR-TEs 最好也插入了到 TA 富有的重复区域。由 Genescan 的基因预言在全部的用绳子拖的平底渡船序列的 0.84Mb 识别了 207 基因。仅仅一些基因(3/207 ) 能被匹配到 Brassica 表示顺序标签(EST ) 数据库，显示大多数基因在 retrotransposon 以后是不活跃的插入。六条用绳子拖的平底渡船中的五个是通常认为地 centromeric。因此，在着丝点区域嵌套 LTR-TEs 很快被复制，反复插入了，并且压制基因的活动并且改组的行为 centromeric 序列的结构。我们的结果建议 LTR-TEs 爆炸了并且在本地规模上增殖创造嵌套的 LTR-TE 区域，和那这些嵌套的 LTR-TEs 戏在着丝点的形成的一个角色。