A Draft Genome Sequence of Nicotiana benthamiana to Enhance Molecular Plant-Microbe Biology Research

烟草 生物 GenBank公司 基因 遗传学 基因组 计算生物学 功能基因组学 全基因组测序 基因沉默 基因组学
作者
Aureliano Bombarely,Hernan G. Rosli,Julia Vrebalov,Peter Moffett,Lukas A. Mueller,Gregory B. Martin
出处
期刊:Molecular Plant-microbe Interactions [Scientific Societies]
卷期号:25 (12): 1523-1530 被引量:388
标识
DOI:10.1094/mpmi-06-12-0148-ta
摘要

Nicotiana benthamiana is a widely used model plant species for the study of fundamental questions in molecular plant-microbe interactions and other areas of plant biology. This popularity derives from its well-characterized susceptibility to diverse pathogens and, especially, its amenability to virus-induced gene silencing and transient protein expression methods. Here, we report the generation of a 63-fold coverage draft genome sequence of N. benthamiana and its availability on the Sol Genomics Network for both BLAST searches and for downloading to local servers. The estimated genome size of N. benthamiana is 3 Gb (gigabases). The current assembly consists of approximately 141,000 scaffolds, spanning 2.6 Gb with 50% of the genome sequence contained within scaffolds >89 kilobases. Of the approximately 16,000 N. benthamiana unigenes available in GenBank, >90% are represented in the assembly. The usefulness of the sequence was demonstrated by the retrieval of N. benthamiana orthologs for 24 immunity-associated genes from other species including Ago2, Ago7, Bak1, Bik1, Crt1, Fls2, Pto, Prf, Rar1, and mitogen-activated protein kinases. The sequence will also be useful for comparative genomics in the Solanaceae family as shown here by the discovery of microsynteny between N. benthamiana and tomato in the region encompassing the Pto and Prf genes.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
更新
大幅提高文件上传限制,最高150M (2024-4-1)

科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
yang完成签到,获得积分10
刚刚
1秒前
chi发布了新的文献求助10
2秒前
4秒前
yang发布了新的文献求助10
7秒前
Tonsil01发布了新的文献求助10
8秒前
sssltt发布了新的文献求助10
10秒前
susan完成签到,获得积分20
11秒前
11秒前
kay完成签到,获得积分20
11秒前
dongge完成签到,获得积分10
11秒前
13秒前
14秒前
lllllll完成签到,获得积分10
17秒前
22秒前
soapffz完成签到,获得积分10
27秒前
rui发布了新的文献求助10
27秒前
yoona发布了新的文献求助10
28秒前
yangwan发布了新的文献求助10
30秒前
30秒前
上官若男应助悦耳听芹采纳,获得10
31秒前
呆萌苠发布了新的文献求助10
32秒前
chi发布了新的文献求助10
35秒前
别潜然发布了新的文献求助10
35秒前
Ava应助科研通管家采纳,获得10
36秒前
上官若男应助科研通管家采纳,获得10
36秒前
yaoyao完成签到 ,获得积分10
36秒前
充电宝应助科研通管家采纳,获得10
36秒前
Jasper应助科研通管家采纳,获得10
36秒前
酷波er应助科研通管家采纳,获得10
37秒前
小马甲应助科研通管家采纳,获得10
37秒前
香蕉觅云应助科研通管家采纳,获得10
37秒前
gjww应助科研通管家采纳,获得10
37秒前
TBOB完成签到,获得积分10
37秒前
互助遵法尚德应助包容乌采纳,获得10
37秒前
38秒前
Orange应助大翟采纳,获得10
42秒前
43秒前
隐形曼青应助yang采纳,获得10
43秒前
悦耳听芹发布了新的文献求助10
43秒前
高分求助中
1949-1966年中国对外宣传史研究 1000
The three stars each: the Astrolabes and related texts 500
Revolutions 400
Diffusion in Solids: Key Topics in Materials Science and Engineering 400
Phase Diagrams: Key Topics in Materials Science and Engineering 400
少脉山油柑叶的化学成分研究 350
Sphäroguß als Werkstoff für Behälter zur Beförderung, Zwischen- und Endlagerung radioaktiver Stoffe - Untersuchung zu alternativen Eignungsnachweisen: Zusammenfassender Abschlußbericht 300
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 有机化学 工程类 生物化学 纳米技术 物理 内科学 计算机科学 化学工程 复合材料 遗传学 基因 物理化学 催化作用 电极 光电子学 量子力学
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 2443610
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 2120566
关于积分的说明 5389033
捐赠科研通 1848740
什么是DOI,文献DOI怎么找? 919749
版权声明 562022
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 492013