Large-Scale Low-Cost NGS Library Preparation Using a Robust Tn5 Purification and Tagmentation Protocol

计算机科学 构造(python库) DNA测序 DNA 算法 生物 遗传学 程序设计语言
作者
Bianca P. Hennig,Lars Velten,Ines Racke,Chelsea Szu-Tu,Matthias Thoms,Vladimir Rybin,Hüseyin Besir,Kim Remans,Lars M. Steinmetz
出处
期刊:G3: Genes, Genomes, Genetics [Genetics Society of America]
卷期号:8 (1): 79-89 被引量:108
标识
DOI:10.1534/g3.117.300257
摘要

Abstract Efficient preparation of high-quality sequencing libraries that well represent the biological sample is a key step for using next-generation sequencing in research. Tn5 enables fast, robust, and highly efficient processing of limited input material while scaling to the parallel processing of hundreds of samples. Here, we present a robust Tn5 transposase purification strategy based on an N-terminal His6-Sumo3 tag. We demonstrate that libraries prepared with our in-house Tn5 are of the same quality as those processed with a commercially available kit (Nextera XT), while they dramatically reduce the cost of large-scale experiments. We introduce improved purification strategies for two versions of the Tn5 enzyme. The first version carries the previously reported point mutations E54K and L372P, and stably produces libraries of constant fragment size distribution, even if the Tn5-to-input molecule ratio varies. The second Tn5 construct carries an additional point mutation (R27S) in the DNA-binding domain. This construct allows for adjustment of the fragment size distribution based on enzyme concentration during tagmentation, a feature that opens new opportunities for use of Tn5 in customized experimental designs. We demonstrate the versatility of our Tn5 enzymes in different experimental settings, including a novel single-cell polyadenylation site mapping protocol as well as ultralow input DNA sequencing.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
hjx发布了新的文献求助30
1秒前
机灵飞兰发布了新的文献求助10
1秒前
英姑应助科研通管家采纳,获得10
2秒前
无花果应助科研通管家采纳,获得10
2秒前
共享精神应助科研通管家采纳,获得10
2秒前
科研通AI2S应助科研通管家采纳,获得10
2秒前
2秒前
2秒前
元气饱满完成签到 ,获得积分10
2秒前
bkagyin应助霸气凡白采纳,获得10
3秒前
小飞飞应助优秀藏鸟采纳,获得10
3秒前
婷婷发布了新的文献求助20
6秒前
小小小何完成签到 ,获得积分10
8秒前
科研通AI5应助fffff采纳,获得10
9秒前
02完成签到,获得积分10
10秒前
无花果应助机灵飞兰采纳,获得10
10秒前
英俊溪灵完成签到,获得积分10
11秒前
12秒前
orixero应助jyy采纳,获得50
12秒前
科研通AI2S应助至幸采纳,获得10
14秒前
14秒前
15秒前
16秒前
NexusExplorer应助Yeshenyue采纳,获得10
16秒前
18秒前
zjmm发布了新的文献求助10
19秒前
早睡早起健康长寿完成签到,获得积分10
20秒前
LLL完成签到,获得积分10
21秒前
sgssm完成签到,获得积分10
21秒前
坦率的傲芙完成签到,获得积分10
22秒前
冰洁儿完成签到,获得积分10
22秒前
hss完成签到 ,获得积分10
25秒前
小冯完成签到,获得积分10
26秒前
思源应助lihua采纳,获得10
28秒前
张同学发布了新的文献求助10
28秒前
30秒前
An完成签到,获得积分10
31秒前
36秒前
36秒前
38秒前
高分求助中
【此为提示信息,请勿应助】请按要求发布求助,避免被关 20000
Continuum Thermodynamics and Material Modelling 2000
Encyclopedia of Geology (2nd Edition) 2000
Maneuvering of a Damaged Navy Combatant 650
Периодизация спортивной тренировки. Общая теория и её практическое применение 310
Mixing the elements of mass customisation 300
the MD Anderson Surgical Oncology Manual, Seventh Edition 300
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 工程类 有机化学 物理 生物化学 纳米技术 计算机科学 化学工程 内科学 复合材料 物理化学 电极 遗传学 量子力学 基因 冶金 催化作用
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 3779823
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 3325264
关于积分的说明 10222188
捐赠科研通 3040419
什么是DOI,文献DOI怎么找? 1668835
邀请新用户注册赠送积分活动 798776
科研通“疑难数据库(出版商)”最低求助积分说明 758552