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SynDesign: web-based prime editing guide RNA design and evaluation tool for saturation genome editing

生物 基因组编辑 计算生物学 素数(序理论) 基因 基因组 遗传学 DNA测序 计算机科学 数学 组合数学
作者
Jinman Park,Goosang Yu,Sang-Yeon Seo,Jinyeong Yang,Seokjoong Kim
出处
期刊:Nucleic Acids Research [Oxford University Press]
卷期号:52 (W1): W121-W125
标识
DOI:10.1093/nar/gkae304
摘要

Abstract Saturation genome editing (SGE) enables in-depth functional evaluation of disease-associated genes and variants by generating all possible single nucleotide variants (SNVs) within a given coding region. Although prime editing can be employed for inducing these SNVs, designing efficient prime editing guide RNAs (pegRNAs) can be challenging and time-consuming. Here, we present SynDesign, an easy-to-use webtool for the design, evaluation, and construction precision pegRNA libraries for SGE with synonymous mutation markers. SynDesign offers a simple yet powerful interface that automates the generation of all feasible pegRNA designs for a target gene or variant of interest. The pegRNAs are selected using the state-of-the-art models to predict prime editing efficiencies for various prime editors and cell types. Top-scoring pegRNA designs are further enhanced using synonymous mutation markers which improve pegRNA efficiency by diffusing the cellular mismatch repair mechanism and serve as sequence markers for improved identification of intended edits following deep sequencing. SynDesign is expected to facilitate future research using SGE to investigate genes or variants of interest associated with human diseases. SynDesign is freely available at https://deepcrispr.info/SynDesign without a login process.

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