请教肿瘤 NGS 与临床基因组研究同行一个核心问题：肿瘤纯度对 VAF 的稀释效应，以及不同样本间可比性问题。
我的分析逻辑：
- 临床NGS检测样本肿瘤组织中肿瘤细胞占比（纯度）从 10% 到 90% 不等，大量 reads 来自正常细胞；
- 真实肿瘤内部的突变等位基因频率（true VAF）会被正常 DNA线性稀释：
观测 VAF ≈ 真实 VAF × 肿瘤纯度
- 例如同样真实 5% 的突变：
- 纯度 90% → 观测 VAF≈4.5%
- 纯度 10% → 观测 VAF≈0.5%
- 若统一用 1% VAF cutoff去识别样本的基因突变阴性或阳性，低纯度样本会大量真实突变被过滤为假阴性。
我的困惑：
- 常规临床 panel 检测，测序公司是否会做 VAF 纯度校正？ 我们实际拿到的都是原始观测 VAF。
- 常规突变 calling 流程（Mutect2/Strelka 等）若无配对正常样本，是否默认不校正纯度？
- 临床研究中常见做法：固定 VAF cutoff → 二分类突变 / 野生 → 生存 / 疗效分析。但因为纯度差异，不同患者的判定标准并不统一，低纯度患者更容易被归为野生型，这是否会带来严重偏倚？
- 领域内标准做法是：必须估算纯度并校正 VAF 后再判定突变吗？还是有其他更常用的策略？
希望和各位生信 / 临床研究同行交流：
- 如何保证不同纯度样本突变状态可比？
- 哪些校正方法在临床大 panel中最实用？
非常感谢！
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