Committors without Descriptors

计算机科学 离解(化学) 参数化(大气建模) 水准点(测量) 亚稳态 图形 罕见事件 集合(抽象数据类型) 理论计算机科学 过程(计算) 采样(信号处理) 人工智能 算法 缩小 人工神经网络 数据挖掘 机器学习
作者
Peilin Kang,Jintu Zhang,Enrico Trizio,Tingjun Hou,Michele Parrinello
出处
期刊:Journal of Chemical Theory and Computation [American Chemical Society]
卷期号:22 (4): 1613-1620 被引量:3
标识
DOI:10.1021/acs.jctc.5c01848
摘要

The study of rare events is one of the major challenges in atomistic simulations, and several enhanced sampling methods toward its solution have been proposed. Recently, it has been suggested that the use of the committor, which provides a precise formal description of rare events, could be of use in this context. We have recently followed up on this suggestion and proposed a committor-based method that promotes frequent transitions between the metastable states of the system and allows extensive sampling of the process transition state ensemble. One of the strengths of our approach is being self-consistent and semiautomatic, exploiting a variational criterion to iteratively optimize a neural-network-based parametrization of the committor, which uses a set of physical descriptors as input. Here, we further automate this procedure by combining our previous method with the expressive power of graph neural networks, which can directly process atomic coordinates rather than descriptors. Besides applications on benchmark systems, we highlight the advantages of a graph-based approach in describing the role of solvent molecules in systems, such as ion pair dissociation or ligand binding.
最长约 10秒,即可获得该文献文件

科研通智能强力驱动
Strongly Powered by AbleSci AI
科研通是完全免费的文献互助平台,具备全网最快的应助速度,最高的求助完成率。 对每一个文献求助,科研通都将尽心尽力,给求助人一个满意的交代。
实时播报
crimson发布了新的文献求助10
刚刚
刚刚
JJ发布了新的文献求助10
1秒前
1秒前
2秒前
无花果应助乐橙采纳,获得10
2秒前
ABC完成签到,获得积分10
2秒前
3秒前
3秒前
4秒前
英俊的铭应助整齐的凌兰采纳,获得10
4秒前
wqb发布了新的文献求助10
4秒前
5秒前
5秒前
动人的洋葱完成签到 ,获得积分20
6秒前
扎心发布了新的文献求助10
6秒前
sun77777完成签到,获得积分10
6秒前
张力仁发布了新的文献求助10
6秒前
周八应助子羽采纳,获得20
6秒前
小石头发布了新的文献求助10
7秒前
123柴发布了新的文献求助10
7秒前
沝弲发布了新的文献求助10
7秒前
8秒前
汤圆发布了新的文献求助10
8秒前
传奇3应助明理的若男采纳,获得10
9秒前
9秒前
9秒前
10秒前
东方朔发布了新的文献求助30
10秒前
ansteel应助单薄谷秋采纳,获得10
11秒前
11秒前
11秒前
哈喽玉米发布了新的文献求助10
12秒前
12秒前
sun77777发布了新的文献求助10
12秒前
13秒前
王少安发布了新的文献求助10
13秒前
扎心完成签到,获得积分10
14秒前
14秒前
乐橙发布了新的文献求助10
14秒前
高分求助中
(应助此贴封号)【重要!!请各用户(尤其是新用户)详细阅读】【科研通的精品贴汇总】 10000
Römisch-Germanische Forschungen 1000
APA handbook of comparative psychology: Basic concepts, methods, neural substrate, and behavior 1000
China Pluperfect I: Epistemology of Past and Outside in Chinese Art 520
Matrix Methods in Data Mining and Pattern Recognition Second Edition 510
The fast track to determining transfer functions of linear circuits: The student guide 500
The Analytical and Numerical Solution of Electric and Magnetic Fields 500
热门求助领域 (近24小时)
化学 材料科学 医学 生物 纳米技术 工程类 有机化学 化学工程 生物化学 计算机科学 内科学 物理 复合材料 催化作用 细胞生物学 无机化学 光电子学 物理化学 电极 基因
热门帖子
关注 科研通微信公众号,转发送积分 7610762
求助须知:如何正确求助?哪些是违规求助? 9186460
关于积分的说明 19679732
捐赠科研通 7184596
什么是DOI,文献DOI怎么找? 3270420
关于科研通互助平台的介绍 2434060
邀请新用户注册赠送积分活动 2265184