Python Materials Genomics (pymatgen): A robust, open-source python library for materials analysis

Python(编程语言) 计算科学 计算机科学 应用程序编程接口 程序设计语言 软件
作者
Shyue Ping Ong,William D. Richards,Anubhav Jain,Geoffroy Hautier,Michael Kocher,Shreyas Cholia,Dan Gunter,Vincent Chevrier,Kristin A. Persson,Gerbrand Ceder
出处
期刊:Computational Materials Science [Elsevier BV]
卷期号:68: 314-319 被引量:4236
标识
DOI:10.1016/j.commatsci.2012.10.028
摘要

We present the Python Materials Genomics (pymatgen) library, a robust, open-source Python library for materials analysis. A key enabler in high-throughput computational materials science efforts is a robust set of software tools to perform initial setup for the calculations (e.g., generation of structures and necessary input files) and post-calculation analysis to derive useful material properties from raw calculated data. The pymatgen library aims to meet these needs by (1) defining core Python objects for materials data representation, (2) providing a well-tested set of structure and thermodynamic analyses relevant to many applications, and (3) establishing an open platform for researchers to collaboratively develop sophisticated analyses of materials data obtained both from first principles calculations and experiments. The pymatgen library also provides convenient tools to obtain useful materials data via the Materials Project's REpresentational State Transfer (REST) Application Programming Interface (API). As an example, using pymatgen's interface to the Materials Project's RESTful API and <em>phasediagram</em> package, we demonstrate how the phase and electrochemical stability of a recently synthesized material, Li<sub>4</sub>SnS<sub>4</sub>, can be analyzed using a minimum of computing resources. Here, we find that Li<sub>4</sub>SnS<sub>4</sub> is a stable phase in the Li-Sn-S phase diagram (consistent with the fact that it can be synthesized), but the narrow range of lithium chemical potentials for which it is predicted to be stable would suggest that it is not intrinsically stable against typical electrodes used in lithium-ion batteries.
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