Botrytis cinerea (BC) es un hongo necrotrófico causante de la podredumbre gris, enfermedad que afecta distintos cultivos hortícolas y frutales, entre ellas la vid. En el estado de Querétaro, el cultivo de la vid ha cobrado importancia, debido a los beneficios económicos derivados de las actividades de su producción, por ello es necesario evitar y controlar los riesgos por enfermedades. En el presente trabajo se implementó un sistema de detección por técnicas moleculares (PCR, por sus siglas en inglés) y se evaluó el efecto antagónico de Bacillus subtilis Q11 (BsQ11) sobre aislados de BC in vitro e in vivo. Primeramente, se colectaron frutos de vid de la cv. Merlot: Finca el Rosario, Bodegas de Cote y Viñedos Azteca, luego, se obtuvieron aislados de BC para estandarizar su detección por PCR mediante el uso de los oligonucleótidos C729 +/- en los viñedos. Se encontró que los viñedos mostraron baja incidencia de BC (20 %), la más alta fue en Viñedos Azteca (p=0.017) debido a que no existe control fitosanitario en el lugar. Asimismo, se llevaron a cabo ensayos de antagonismo para evaluar la capacidad de BsQ11 de reducir la incidencia de BC sobre hojas de vid de la cv. Ribier, los resultados manifestaron un alto grado de eficacia contra los aislados de BC (arriba de 85.71 %), reduciendo el área de infección y demostrando que BsQ11 es un óptimo agente de biocontrol. Finalmente, el extracto crudo de BsQ11 fue separado por HPLC de fase reversa, el cual generó 22 fracciones que fueron probadas contra Rhizoctonia solani, resultando con actividad antagónica tres de ellas; 9, 11 y 12. El análisis por MALDI TOF/TOF de estas fracciones indica que son una mezcla de iturinas con picos de iones moleculares de 1071 a 1130 m/z. Estos compuestos pertenecen a una familia de lipopéptidos reportados con actividad inhibitoria contra fitopatógenos. En conclusión, la detección mediante un sistema mediante PCR y el uso de BsQ11, como agente de biocontrol, son apropiados métodos para detectar y tratar enfermedades como la podredumbre gris en cultivos.