Development of genome-wide insertion/deletion markers in rice based on graphic pipeline platform

DNA 标记在植物繁殖和遗传起重要作用。插入 / 删除(InDel ) 标记是广泛地由于它的低费用和高精确使用的一个种 co 主导的 DNA 标记。然而，寻找 InDel 标记的正规方法费时间、劳动密集型。我们开发了一个端对端的计算解决方案(InDel 标记开发站台， IMDP ) 在图形的管道环境下面识别染色体宽的 InDel 标记。IMDP 组成装配染色体序列排列管道(统帅管子) 和下一代的重新定序的数据印射管道(NGS 管子) 。与统帅管子，我们能识别在米饭栽培变种 Nipponbare 和 93-11 的染色体之间的 12,944 个标记。用 NGS 管子，我们从重新定序报导了 34,794 InDels 米饭栽培变种 Wu-Yun-Geng7 和 Guang-Lu-Ai4 的数据。联合统帅管子和 NGS 管子，我们在八棵装饰用的梨树和九 indica 栽培变种开发了 205,659 InDels， 2,681 InDels 显示出一个亚群特定的模式。亚群特定的标记的聚合酶链反应(PCR ) 分析显示精确到达了 90%(95 中的 86 个) 。最后，使他们可得到到公众，我们有综合 InDels/markers 信息进一个网站(米饭 InDel 标记数据库， RIMD， http://202.120.45.71/) 。在米饭的 IMDP 的应用程序将为染色体宽的 InDel 标记的开发便于效率，另外，它能与引用染色体序列和 NGS 数据在另外的种类被使用。