Considerations regarding centromere assembly in plant whole-genome sequencing

着丝粒 顺序装配 基因组 染色质免疫沉淀 生物 计算生物学 DNA测序 遗传学 DNA 基因 染色体 发起人 基因表达 转录组
作者
Miaomiao Han,Yae Yang,Muqing Zhang,Kai Wang
出处
期刊:Methods [Elsevier BV]
卷期号:187: 54-56 被引量:3
标识
DOI:10.1016/j.ymeth.2020.09.006
摘要

The assembly of centromeric regions has become one of the most intractable tasks in whole-genome sequencing due to the enrichment of highly repetitive DNA sequences in most eukaryotic centromeres. Here, we describe a method used to identify centromeric DNAs through chromatin immunoprecipitation and sequencing (ChIP-seq). By mapping ChIP-seq reads, centromeric regions can be indicated in genome assemblies. We demonstrated that the assembly quality of centromeres obtained using ChIP-seq mapping can reflect and indicate the quality of a whole-genome assembly. We discuss an expected 'high-quality' centromere assembly obtained via centromere ChIP-seq mapping.
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