Identification of Ppar <i>γ</i> -modulated miRNA hubs that target the fibrotic tumor microenvironment

小RNA 生物 癌症研究 纤维化 肝细胞癌 细胞生物学 癌症 癌变 下调和上调 转录组 过氧化物酶体增殖物激活受体 表型 计算生物学 基因 医学 病理 遗传学
作者
Ivana Winkler,Catrin Bitter,Sebastian Winkler,Dieter Weichenhan,Abhishek Thavamani,Jan G. Hengstler,Erawan Borkham-Kamphorst,Oliver Kohlbacher,Christoph Plass,Robert Geffers,Ralf Weiskirchen,Alfred Nordheim
出处
期刊:Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America [National Academy of Sciences]
卷期号:117 (1): 454-463 被引量:27
标识
DOI:10.1073/pnas.1909145117
摘要

Liver fibrosis interferes with normal liver function and facilitates hepatocellular carcinoma (HCC) development, representing a major threat to human health. Here, we present a comprehensive perspective of microRNA (miRNA) function on targeting the fibrotic microenvironment. Starting from a murine HCC model, we identify a miRNA network composed of 8 miRNA hubs and 54 target genes. We show that let-7, miR-30, miR-29c, miR-335, and miR-338 (collectively termed antifibrotic microRNAs [AF-miRNAs]) down-regulate key structural, signaling, and remodeling components of the extracellular matrix. During fibrogenic transition, these miRNAs are transcriptionally regulated by the transcription factor Ppar γ and thus we identify a role of Ppar γ as regulator of a functionally related class of AF-miRNAs. The miRNA network is active in human HCC, breast, and lung carcinomas, as well as in 2 independent mouse liver fibrosis models. Therefore, we identify a miRNA:mRNA network that contributes to formation of fibrosis in tumorous and nontumorous organs of mice and humans.
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