PyLAT: Python LAMMPS Analysis Tools

Python(编程语言) 一套 计算机科学 开源 分子动力学 计算科学 钥匙(锁) 离子键合 离子 程序设计语言 计算化学 化学 软件 操作系统 考古 有机化学 历史
作者
Michael T. Humbert,Yong Zhang,Edward J. Maginn
出处
期刊:Journal of Chemical Information and Modeling [American Chemical Society]
卷期号:59 (4): 1301-1305 被引量:88
标识
DOI:10.1021/acs.jcim.9b00066
摘要

Reproducibility and accuracy have become increasingly important issues for the molecular simulation community. The availability of validated open-source postprocessing tools to analyze simulation trajectories and compute properties is key to helping researchers conduct more accurate and reproducible simulations. Here we describe a suite of open-source Python-based postprocessing routines we have developed called PyLAT. PyLAT is compatible with the popular molecular dynamics package LAMMPS and enables users to compute viscosities, self-diffusivities, ionic conductivities, molecule or ion pair lifetimes, dielectric constants, and radial distribution functions using best-practice methods.
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