Improving aptamer performance with nucleic acid mimics: de novo and post-SELEX approaches

适体 指数富集配体系统进化 寡核苷酸 核酸 计算生物学 SELEX适体技术 生物 定向分子进化 化学 DNA 生物化学 核糖核酸 分子生物学 定向进化 基因 突变体
作者
Ricardo Oliveira,Eva Pinho,Ana Luísa Sousa,Jeffrey J. DeStefano,Nuno F. Azevedo,Carina Almeida
出处
期刊:Trends in Biotechnology [Elsevier]
卷期号:40 (5): 549-563 被引量:32
标识
DOI:10.1016/j.tibtech.2021.09.011
摘要

Aptamers are structural single-stranded oligonucleotides generated in vitro to bind to a specific target molecule. Aptamers' versatility can be enhanced with nucleic acid mimics (NAMs) during or after a selection process, also known as systematic evolution of ligands by exponential enrichment (SELEX). We address advantages and limitations of the technologies used to generate NAM aptamers, especially the applicability of existing engineered polymerases to replicate NAMs and methodologies to improve aptamers after SELEX. We also discuss the limitations of existing methods for sequencing NAM sequences and bioinformatic tools to predict NAM aptamer structures. As a conclusion, we suggest that NAM aptamers might successfully compete with molecular tools based on proteins such as antibodies for future application.
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