Terpenoid phytocompounds from mangrove plant Xylocarpus moluccensis as possible inhibitors against SARS-CoV-2: In silico strategy

萜类 立体化学 红树林 化学 生物信息学 蛋白酶 传统医学 生物化学 生物 医学 生态学 基因
作者
Kiran Bharat Lokhande,Arti Kale,Bhagyashree Shahakar,Ashish Shrivastava,Neelu Nawani,K. Venkateswara Swamy,Ashutosh Singh,Sarika Vishnu Pawar
出处
期刊:Computational Biology and Chemistry [Elsevier]
卷期号:: 107912-107912
标识
DOI:10.1016/j.compbiolchem.2023.107912
摘要

COVID-19 shook the world during the pandemic, where the climax it reached was vaccine manufacturing at an unfathomable pace. Alternative promising solutions to prevent infection from SARS-CoV-2 and its variants will remain crucial in the years to come. Due to its key role in viral replication, the major protease (Mpro) enzyme of SARS-CoV-2 can be an attractive therapeutic target. In the present work, natural terpenoids from mangrove medicinal plant Xylocarpus moluccensis (Lam.) M. Roem. were screened using computational methods for inhibition of Mpro protein. Out of sixty-seven terpenoids, Angolensic acid methyl ester, Moluccensin V, Thaixylomolin F, Godavarin J, and Xylomexicanolide A were shortlisted based on their docking scores and interaction affinities (- 13.502 to - 15.52 kcal/mol). The efficacy was validated by the 100 ns molecular dynamics study. Lead terpenoids were within the acceptable range of RMSD and RMSF with a mean value of 2.5 Å and 1.5 Å, respectively indicating that they bound tightly within Mpro and there was minimal fluctuation and stability of Mpro upon binding of these terpenoids. The utmost favorable binding strengths as calculated by MM-GBSA, were of Angolensic acid methyl ester and Moluccensin V with binding free energies (ΔGbind) of - 39.084, and - 43.160 kcal/mol, respectively. The terpenoids showed no violations in terms of Drug Likeliness and ADMET predictions. Overall, the findings indicate that Angolensic acid methyl ester and Moluccensin V are effective terpenoids having strong binding interaction with Mpro protein, which must be tested in vitro as an effective anti-SARS-CoV-2 drug.
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