Quantum Mechanical Cluster Models for Calculations on Enzymatic Reaction Mechanisms: Set‐Up and Accuracy

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作者
Sam P. de Visser,Henrik P. H. Wong,Yi Zhang,Rolly Yadav,Chivukula V. Sastri
出处
期刊:Chemistry: A European Journal [Wiley]
卷期号:30 (60) 被引量:2
标识
DOI:10.1002/chem.202402468
摘要

Enzymes turnover substrates into products with amazing efficiency and selectivity and as such have great potential for use in biotechnology and pharmaceutical applications. However, details of their catalytic cycles and the origins surrounding the regio- and chemoselectivity of enzymatic reaction processes remain unknown, which makes the engineering of enzymes and their use in biotechnology challenging. Computational modelling can assist experimental work in the field and establish the factors that influence the reaction rates and the product distributions. A popular approach in modelling is the use of quantum mechanical cluster models of enzymes that take the first- and second coordination sphere of the enzyme active site into consideration. These QM cluster models are widely applied but often the results obtained are dependent on model choice and model selection. Herein, we show that QM cluster models can give highly accurate results that reproduce experimental product distributions and free energies of activation within several kcal mol

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